Covid-19 : Qu’est-ce qu’un test PCR ? Comment interpréter un test PCR ?

Depuis le début de l’été, le nombre de tests PCR hebdomadaire ne cesse d’augmenter afin d’avoir davantage de données sur l’épidémie actuelle de la Covid-19 en France.

Que sont ces tests ?

Sur 41 tests analysés par le Centre National de Référence Covid (CNR Institut Pasteur et CNR laboratoire associé des Hospices Civils de Lyon), 8 ont été validés, puis 27 ont été homologués fin avril dans l’urgence par l’ANSM (Agence Nationale de la Sécurité du Médicament) et le Ministère de la Santé, alors que nombre de laboratoires étaient prêts dès le mois de mars et que certains ont même beaucoup aidés les hôpitaux dans le diagnostic, ne comprenant pas l’absence de réponse de l’ANSM pendant que le virus tuait 500 personnes par jour.

Ces tests ciblent tous 2 séquences du génome du virus, correspondant à 2 gènes distincts.

Ils sont reconnus par une amorce (séquence nucléotidique spécifique), puis amplifiés par RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction). Elle permet la transcription de l’ARN du virus en ADN, puis son amplification.  En fonction du stade de l’infection, on détecte d’abord le gène 1, puis les 2 gènes, puis le gène 2.

Parce qu’ils ont été validés dans l’urgence, il n’existe pas de consensus sur la longueur de l’amorce utilisée, mais uniquement sur une séquence commune.  Ceci implique que certains tests (kits) ont été développés avec une amorce « à minima » et d’autres ont été davantage élaborés pour être plus spécifiques.

Ceci implique également qu’il ne peut pas y avoir de consensus sur le nombre de cycles d’amplification nécessaire dans le thermocycleur (machine qui permet de réaliser en laboratoire les réactions PCR) pour détecter le virus par RT-PCR (or, plus le nombre de cycles est élevé, plus il y a de probabilité d’amplification), car cela dépend de l’amorce utilisée (si elle est trop courte, il est possible de « taper » à côté et d’avoir des faux négatifs, si elle est trop longue, il est à l’inverse possible d’avoir des faux positifs), mais aussi du type des protocoles d’extraction de l’ARN (selon le type de prélèvement : PNP, expectoration, LBA…) et de la PCR elle-même.

A priori, les tests homologués sont tous fiables et le risque de faux positifs est très faible.

Néanmoins, en toute rigueur, on ne peut négliger que le défaut d’homogénéité entre les tests pourrait impliquer une variabilité laboratoire-dépendante.

Que veut dire un test positif ?

Un test PCR Covid positif peut vouloir dire 2 choses :

• Soit il détecte de l’ARN du virus vivant. Le sujet est donc potentiellement contagieux, qu’il soit symptomatique (malade) ou asymptomatique (porteur sain).
• Soit il détecte de l’ARN du virus mort qui n’a pas encore été éliminé car les cellules infectées n’ont pas encore été éliminées elle mêmes. Ceci a pu être observé jusqu’à 2 mois après la contamination. Le sujet est alors positif, mais non contaminant. Ce n’est pas un « faux positif ».

Que veut dire un test négatif ?

Un test PCR Covid négatif est à interpréter en fonction de la présence de symptômes ou pas :

• Si le patient est asymptomatique, il peut ne pas avoir été infecté, ou être au tout début de la phase d’incubation. Idéalement, il faudrait refaire un test PCR quelques jours plus tard.
• Si le patient est symptomatique, il faut alors faire un test PCR sur une expectoration ou sur le LBA (liquide broncho alvéolaire), car le virus migre rapidement des voies respiratoires hautes vers les poumons, idéalement doublé d’un scan thoracique pour confirmer le diagnostic.

Toutes les données des tests sont ensuite transmises à SiDep par les différents laboratoires, donc les patients positifs ne sont pas comptabilisés 2 fois, comme cela a pu l’être dans d’autres pays, comme la Grande-Bretagne.

Qu’en est-il de la souche circulante actuellement en France ?

La majorité des cas positifs actuels sont plutôt jeunes et asymptomatiques, mais néanmoins contagieux.

La période de l’été et une bonne immunité naturelle peuvent en partie expliquer cela.

Pour autant, parce qu’ils restent contagieux, il serait utile de déterminer le seuil de charge virale minimal requis pour être contaminant.

Enfin, le propre des virus, en particulier ceux à ARN, étant de muter, il serait intéressant de savoir si la souche actuelle a muté vers moins virulente par rapport à celle ayant sévi en mars et avril, mais également à celle(s) sévissant dans d’autres parties du monde : nous ferions alors de la véritable épidémiologie du virus et pas uniquement de l’épidémiologie de cas.