Histoire du COVID-19 – chapitre 6 - Partie 1 : Un hôte intermédiaire est-il systématiquement nécessaire dans l'apparition d'une zoonose ?

Le pangolin a-t-il été l'hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l'Homme et que savons-nous réellement de la genèse de la pandémie Covid-19 ?

            Au chapitre 1, nous avons montré que la désinformation savamment entretenue par le gouvernement chinois, relayée par l'OMS et les gouvernements occidentaux, empêchait de connaître le point de départ exact de l'épidémie. La destruction des quelques 515 échantillons environnementaux et 70 échantillons d'animaux prélevés sur le marché humide de Wuhan empêche toute conclusion sûre sur le processus de franchissement de la barrière des espèces entre la chauve-souris et l'Homme. Les deux déclarations officielles contradictoires de Gao Fu, le directeur du Centre de Chinois de Contrôle des Maladies Infectieuses, à quatre mois d'intervalle, ne peuvent être considérées comme fiables. L'enquête circonstancielle directe n'est pas complètement forclose. Il reste toujours à cette heure la possibilité d'enquêter auprès des premiers malades de novembre 2019 qui ont survécu, ou auprès de leur famille, pour savoir si oui ou non ils ont été en contact avec un des marchés aux animaux sauvages de Wuhan, ou avec des animaux sauvages en dehors d'un marché, ou avec des personnes présentant des symptômes bénins de cette maladie. Devant le peu de coopération de la Chine, il ne reste plus que la sagacité scientifique et l'analyse des génomes des coronavirus humains et de pangolins, saisis par les douanes chinoises, pour essayer d'y voir plus clair sur le mécanisme d'émergence du SARS-Cov2. On sait indiscutablement qu'entre 2017 et 2019 des pangolins de contrebande en provenance du Vietnam étaient été infectés de plusieurs virus, principalement par une lignée du virus Sendaï d'origine humaine ainsi qu'au moins deux coronavirus à SARS. Ces derniers se sont révélés par la suite être les deuxième et troisième virus les plus proches du SARS-Cov2. C'est la mine de cuivre abandonnée de Mojiang qui recelait en 2012-2013 le virus le plus proche du SARS-Cov2, connu à ce jour. Deux dates clés, 2012 et 2018, apparaissent autour d'un scénario possible de la genèse du virus qui reste un mystère. L'adaptation parfaite à l'homme du motif de liaison de la protéine S du virus du pangolin de 2019 est compatible avec un forçage adaptatif dans un primate, tel le chimpanzé ou l'orang-outan, qui aurait eu lieu courant 2018.

Partie 1. Un hôte intermédiaire est-il systématiquement nécessaire dans l'apparition d'une zoonose?

Les premiers coronavirus détectés chez les animaux familiers et l'Homme

Les coronavirus peuvent infecter des animaux domestiques et sauvages ainsi que les êtres humains. Les épidémies apparues au cours des 15 dernières années soulignent la capacité des coronavirus à franchir les barrières d’espèces pour causer des pathologies graves chez l’homme et montrent que cette famille de virus constitue un réservoir de pathogènes émergents. Selon les cas, ils provoquent des maladies respiratoires, digestives, hépatiques, neurologiques, de différentes sévérités. 

Le premier coronavirus fut identifié aux États-Unis en 1931. Il s'agissait de celui de la bronchite infectieuse aviaire. Dans les années 1960, les premiers coronavirus humains furent isolés sur tous les continents, ils étaient peu pathogènes, responsables de rhumes le plus souvent anodins. 

Chez les animaux domestiques, la plupart des coronavirus identifiés sont des alphacoronavirus responsables de maladies graves comme le coronavirus du chat qui entraîne une péritonite infectieuse  (PIF du chat) ou la gastro-entérite transmissible (GET) du porcelet. Le pronostic de la péritonite infectieuse féline est presque toujours fatal. Son origine est peu claire. Elle serait due à une mutation suspectée, mais non prouvée, du coronavirus  entérique félin FECV/FeCoV bénin.

En 1984, l’émergence du coronavirus respiratoire porcin semblait avoir pour origine une modification du virus responsable de la GET (Cheng et al. 2007). La GET est devenue plus rare, parallèlement à l’émergence d’un autre coronavirus (Swine acute diarrhea syndrome coronavirus ou Sads-CoV), responsable de la diarrhée épidémique porcine (DEP), surtout importante dans le Sud-Est asiatique depuis 2010 (Sun RQ et al 2012). En 2017, une importante épidémie chez les porcelets permit de démontrer que le réservoir animal de la  DEP était vraisemblablement la chauve-souris (Gong L et al 2017)

Les 7 coronavirus humains recensés jusqu'à présent

Avant 2003, seuls deux types de coronavirus, HCoV-229E et HCoV-OC43, étaient connus comme pouvant infecter les humains, provoquant principalement des infections respiratoires légères.

En octobre 2002, le premier coronavirus hautement pathogène émergea dans la population humaine. Il s'agissait d'un betacoronavirus (le SARS-Cov), responsable de ce qu'on allait nommé le Syndrome Respiratoire Aigus Sévère (SARS) qui débuta en Chine avant de se propager rapidement dans 35 pays du monde.

Depuis, deux autres coronavirus du même type ont été identifiés, infectant l'homme à une large échelle. Contrairement à ce qui est affirmé dans les médias concernant le caractère bénin des coronavirus usuels, 3 des 5 nouveaux virus identifiés depuis 2002 sont létaux et ont causé des épidémies. Les 2 restants peuvent être également très pathogènes dans certains cas.

« Le HCoV-NL63 a été identifié aux Pays-Bas, fin 2004, chez un enfant de sept mois atteint de bronchiolite. L'infection par le virus a été confirmée dans le monde entier et est associée à de nombreux symptômes courants. Les maladies associées comprennent des infections légères à modérées des voies respiratoires supérieures, une infection aiguë sévère des voies respiratoires inférieures, un croup (laryngo-trachéo-bronchite) et de la bronchiolite. » (Source Wikipedia)

L'autre virus, le HCoV-HKU1 a été détecté pour la première fois en janvier 2005 chez un homme de 71 ans, hospitalisé en raison de symptômes de détresse respiratoire aiguë et d'une pneumonie bilatérale confirmée par radiographie. Il était récemment revenu à Hong Kong après avoir séjourné à Shenzhen, en Chine. Ce virus est distinct des autres coronavirus humains et semble s'apparenter au virus de l'hépatite murine.

En 2012, un betacoronavirus extrêmement létal est apparu en Arabie Saoudite, nommé Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV). Ce  sixième  coronavirus qui infecte l’homme est responsable d’une épidémie restreinte à la péninsule arabique. A la fin novembre 2019, 2494 cas ont été confirmés dont 858 décès (soit un taux de létalité de 34,4% selon OMS).    

Finalement, le SARS-Cov2, officiellement apparu en décembre 2020, est le septième coronavirus recensé.

La civette palmiste, hôte intermédiaire identifié pour la première épidémie de SARS de 2002-2003

La plupart des premiers cas observés de SARS sont apparus en octobre 2002 à Guangzhou (Canton) dans la province du Guangdong. Les  personnes qui manipulaient des aliments ou qui travaillaient dans les marchés aux animaux vivants présentaient des taux d'anticorps anti-SRAS-CoV plus élevés que les personnes exerçant d'autres professions (CDC Guandong 2003, Xu R-H, 2004).  Des blaireaux-furets chinois, civettes palmiste masquées et un chien viverrin étaient infectés par un virus étroitement apparenté au SARS-Cov (marché de Shenzhen, 7 et 8 mai 2003) (Guan Y, Science 2003) démontrant que ces marchés étaient une route de transmission inter-espèces sans que le réservoir naturel du virus puisse être identifié. Leurs séquences génomiques présentaient jusqu'à 99,8% d'identité avec celle du SRAS-CoV humain.

Sur cette base, plus d'un millier de civettes avaient été abattues en janvier 2004 à Guangdong. Cependant, aucune preuve concluante ne suggérait que les civettes étaient les hôtes réservoirs du SRAS-CoV ou que les civettes dans leur habitat naturel étaient infectées par le SRAS-CoV. La difficulté à trouver des civettes sauvages, les problèmes de réglementation rendaient les études de terrain sur les civettes sauvages compliquées, sinon impossibles.

Changchun Tu et al. avaient mené une étude sérologique sur la prévalence des anticorps au SRAS-CoV chez les civettes des marchés et celles des fermes d’élevage. Des tissus intestinaux et des échantillons de sérum avaient été prélevés sur 56 animaux : 38 civettes de quatre fermes d’élevage de différentes régions de la province du Guangdong (10 de Zhuhai, 10 de Shanwei, 9 de Shaoguan et 9 de Qingyuan) et 18 civettes du marché aux animaux vivants de Xinyuan à Guangzhou.

Des échantillons de tissus intestinaux et de sérum de civettes ont été sélectionnés dans 41 fermes distantes de plus de 100 km les unes des autres dans la province du Guangdong. L'étude avait également inclus 47 échantillons collectés en juin 2003 dans deux fermes dans les villes de Luoning (Henan) et Changsha (Hunan). Les conditions d'élevage dans ces fermes étaient similaires à celles du Guangdong. Sur 103 échantillons de sérum de civette testés, 18 étaient positifs à au moins un des trois tests utilisés, pour une séro-prévalence globale d'environ 17% (aucune ferme n'avait une séro-prévalence > 40%). Cette valeur différait considérablement de celles des marchés au gibier vivant de Guangzhou qui était de 78% sur la même période. De plus, avec la distance la prévalence diminuait. Dans les 4 fermes de Shanwei, situées 240 km à l'est de Guangzhou, la séro-prévalence tombait à 10%.

Ces résultats montraient que les civettes n'étaient pas le réservoir naturel du SARS-Cov mais que l'épicentre de la maladie était bien le marché aux animaux de Guangzhou. Ce n'est que 10 ans après, en 2013, que Shi Zheng Li a pu identifier dans le Yunnan, à 1500 km de Guangzhou, deux virus de chauve-souris, Rs3367 et RsSHC014, partageant plus de 95% d'identité avec les virus SARS-Cov humain et de civette (voir chapitre 4, partie 3). En tenant compte de l'évolution divergente des virus au fil des années, ces virus étaient mathématiquement directement apparentés au SARS-Cov. De même qu'il est mathématique que des chauves-souris vivantes, issues de trafics avec le Yunnan, devaient être présentes sur ce marché à certains moments avant le départ de l'épidémie. Cependant, les autorités chinoises restent très évasives sur la présence épisodique de ces animaux sur les marchés. De notoriété publique il s'agit là d'un secret de polichinelle. Un reportage de l'association PETA pour une éthique dans le traitement des animaux montre de façon indéniable des marchés d'animaux vivants au Cambodge, en Chine, en Indonésie, aux Philippines, en Thaïlande et au Vietnam, où des poulets, des canards, des poissons, des chiens ainsi que des chauves-souris, des singes et d'autres animaux exotiques sont vendus.

Il faut noter à quel point il est étrange qu'à Wuhan les 70 échantillons d'animaux saisis à la fermeture du marché de Huanan le 1er janvier ont été détruits, fermant à tout jamais la possibilité d'enquête épidémiologique conclusive similaire à celle menée en 2003 et 2004. La raison invoquée est que ces échantillons étaient en trop grand nombre pour être conservés en sécurité, vue la dangerosité du virus. Pour une ville possédant un laboratoire P4, cela s'appelle se moquer du monde.

Le dromadaire, réservoir intermédiaire identifié pour l'épidémie de MERS de 2002-2003

En 2012, un nouveau virus respiratoire a fait son apparition en Arabie Saoudite. Baptisé MERS-CoV pour Coronavirus du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient, il touche le tractus respiratoire et est responsable de fièvre et de toux, pouvant entraîner la mort dans environ 30% des cas. Le virus est alors détecté dans plusieurs pays du Moyen-Orient (Jordanie, Qatar, les Émirats Arabes Unis). Fort heureusement, la transmissibilité interhumaine est très faible (R0 < 1.) ce qui empêche la propagation d'une épidémie dont la létalité serait très probablement plus élevée que celle du SARS-Cov2 établie autour de 26% des personnes hospitalisées. Quelques cas ont été détectés en Europe, dont 2 cas en France en 2013. Mais la faible transmissibilité inter-humaine peut changer du jour au lendemain par une mutation du virus. Le 20 mai 2015, un cas (super-contaminateur) provenant du Moyen-Orient est identifié en Corée du Sud, ayant contaminé au 16 juin 2015 indirectement 154 personnes, dont 19 mortellement. A l’heure actuelle, aucun traitement spécifique ou vaccin n’est disponible contre ce virus. L’enjeu actuel est de contenir l’épidémie, puis de poursuivre les efforts de recherche pour mettre au point un vaccin et un traitement.

Des anticorps spécifiques à la protéine S du Mers-CoV ont été identifiés dans 100% des échantillons de sérum prélevés sur une cinquantaine de dromadaires venant de différents endroits d'Oman, ce qui indique que le Mers-CoV, ou un virus extrêmement proche, circule largement au moins chez les dromadaires de la région. Des niveaux inférieurs d'anticorps spécifiques au MERS-CoV ont également été identifiés chez 14% (15 sur 105) dromadaires des îles Canaries où la circulation du virus n'a pas été identifiée. Aucun anticorps spécifique au virus n'a été détecté chez les animaux étroitement liés au dromadaire.

Le MERS-CoV est capable de se répliquer dans différentes lignées de cellules de chauve-souris et son analyse phylogénique montre qu'il est proche d'un betacoronavirus de pipistrelles (Pipistrellus) circulant en Europe et en Asie. L'horloge moléculaire des isolats humains du MERS-CoV évalue que leur divergence à partir d'un ancêtre commun s'est produite au milieu de l'année 2011, avec un foyer d'isolats dans la péninsule arabique divergeant à la fin 2012.

Quel hôte intermédiaire pour le SARS-Cov2 ?

En l'absence d'enquête et de données suffisantes fournies par la Chine, les recherches sur l’origine et l’évolution du SARS-CoV-2 viennent de l’analyse informatique des séquences génomiques associées à leurs métadonnées (date et le lieu de séquençage). L'Institut de France souligne que les conclusions que l’on en tire dépendent de modèles et d' approximations aussi bien que d'algorithmes souvent heuristiques (NDA, avec un caractère empirique qui permet de trouver, par exemple l'estimation de l'horloge moléculaire), du fait de la masse de données et la complexité des problèmes. L'Institut de France ajoute que : « Malgré ces limites, on a aujourd’hui des réponses très claires sur un certain nombre de questions, par exemple sur l’origine naturelle du virus et le fait qu’il n’est pas issu d’un laboratoire. » Nous nous proposons d'examiner minutieusement les données pour vérifier si cette affirmation s'étaye de preuves suffisamment concrètes pour exclure, a priori, un accident de laboratoire.

Certaines informations publiées sont contradictoires et nous devons faire attention aux déclarations officielles et universitaires véhiculées, qu'elles proviennent de la Chine ou de pays occidentaux. Le but de la Chine est évidemment de se dégager de toute responsabilité dans l'émergence de l'épidémie, de même que le gouvernement français cherche à occulter sa responsabilité dans la propagation de l'épidémie à la France. Et d'une certaine façon, il évite de demander officiellement une enquête sur les marchés aux animaux sauvages et un audit de l'Institut de virologie de Wuhan et son laboratoire P4. Nous avons traité au chapitre précédent de l'importance de la fermeture des frontières pour prévenir l'apparition et la ré-introduction de variants hautement pathogènes.

Sur le plan des connaissances en virologie et épidémiologie, il n'est pas impossible que le SRAS-CoV-2 S ait pu développer naturellement un tropisme pour l'être humain directement chez les chauves-souris. Selon les travaux expérimentaux de Shi Zheng Li sur les virus synthétiques, publiés en 2015 (chapitre 2 et chapitre 3) cela est possible. On a vu en Australie, dans le milieu des années 1990, en deux occasions, le  passages ultra rapide du virus Hendra de chevaux contaminés par des chauves-souris à l'homme, sur un période de temps très courte, sans réelle période apparente d'adaptation. Les chevaux sont morts et dans 2 cas sur 3 les hommes ont contact avec les chevaux aussi. Il n'y pas eu a priori d'adaptation évolutive du virus chez les chevaux. On a vu également des explorateurs imprudents mourir de la fièvre hémorragique causée par le virus de Marbourg, suite à la visite de la cave de Kitum au Kenya (dans un des un médecin avaient été contaminé également). Nous verrons dans la section suivante que des travailleurs envoyés pour déblayer du guano de chauve-souris dans la mine désaffectée de Mojiang dans le Yunnan, sont morts de toute évidence contaminés par un coronavirus de type SARS-Cov.

Cependant, à Wuhan on n'a pas de preuve de contamination directe par des chauves-souris, ni de contamination indirecte ultra-rapide par le passage par un animal intermédiaire. Il serait donc nettement plus plausible qu'une adaptation graduelle se soit passée pour le SARS-Cov2 dans une espèce intermédiaire. En effet, l'étude théorique de la protéine de pointe S du SARS-CoV-2 montre qu'elle devrait se lier au récepteur ACE2 de pénétration cellulaire de très nombreuses espèces de mammifères. Elle se lie plus fortement que celle du SRAS-CoV à l'ACE2 de la chauve-souris et de l’homme. Selon l'étude théorique de Shang et al., parue dans Nature, la protéine S du RaTG13 (le virus de chauve-souris découvert en 2013 et proposé par Shi Zheng Li en février 2020 comme étant à l'origine du SARS-Cov de 2002) est également capable de se lier à l'ACE2 humain et, donc, a pu potentiellement infecter les êtres humains il y a 7 ans avant de se transformer.

Les calculs de l'horloge moléculaire du SARS-Cov2 indique que cela est possible (voir partie 3 de ce chapitre). Il est étonnant de constater que l'étude de Shang et al. a été citée par Alina Chan (chercheur-détective qui démontre brillamment que le SARS-Cov2 était déjà adapté à l'être humain en décembre 2019) pour affirmer que le RaTG13 n'infecte pas les êtres humains. Malheureusement, c'est une affirmation approximative qui contribue à détourner l'attention de l'Institut de virologie de Wuhan. En effet, on ne peut pas retrouver à présent le virus RaTG13 chez l'être humain puisque son identification remonte à 2013. Par contre, il s'agit d'un virus ancêtre possible du SARS-Cov2. Le RaTG13 ou un virus voisin a pu infecter des humains en 2012, comme nous le verrons dans la suite de notre analyse, mais il a forcément disparu aujourd'hui par la force de l'évolution. Le seul moyen de savoir qu'il n'a pas pu infecter les humains serait de le cultiver et le tester sur une lignée de cellules pulmonaires humaines, tout comme l'a fait Shi Zheng Li en 2015 pour prouver que son virus Covid chimérique synthétique avait les attributs d'un virus hautement pathogène (chapitre 3). Sur ce point nous sommes donc en désaccord avec Alina Chan.

Ce dont on est sûr scientifiquement, c'est que le séquençage a établi que le SARS-Cov2 a seulement 79,8% d’identité nucléotidique avec le SARS-CoV (50 % avec le MERS-CoV) mais 96,2 % d’identité avec celui d’un virus de chauve-souris (Bat CoV RaTG13) et 90% d’identité avec le génome d’un coronavirus détecté chez le pangolin. (source ANSES)