Covid-19 : Le lien causal avec Prevotella confirmé par une publication d'Oxford Academic avec une forte compatibilité.

Dans un document de recherche publié sur le prestigieux Oxford Academic (Oxford University Press, précisé par un de nos contributeurs)  ce 6 mai 2020, les chercheurs Abdul Arif Khan (en Inde), Zakir Khan (aux USA) confirment, avec une forte compatibilité, le lien entre les protéines Prevotella et le Covid 19 citant les travaux de Chakraborty , ce chercheur indien qui a été mentionné dans les médias dans un fact check et dans d’autres publications.

Dans le document (résumé ci-dessous), les auteurs font référence aux travaux de Chakraborty entre autres.  Ce même chercheur avait été cité dans un fact check négatif de l’AFP  « citant qu’il n’y avait pas de lien ».  Dans le document complet que nous avons lu, le biostatisticien est cité pour son travail de recherche, démontrant la puissance de la bio statistique dans l'identification des séquences.

"La modulation de la microflore sous l’influence des agents pathogènes est un facteur majeur de décision du sort des infections. Au cours d’une étude métagénomique récente réalisée sur des patients COVID-2019 (NCBI Bioproject Accession ID: PRJNA603194), il a été constaté que certaines bactéries sont surreprésentées dans les poumons des patients infectés (Chakraborty, 2020)."

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Le résumé de l’étude est traduit ci-dessous (publié le 6 mai 2020) : Interactions entre des hôtes-pathogènes avec une sur-expression de protéines Prevotella associées à COVID-2019 et leur rôle dans l'épidémie de coronavirus; auteurs : Abdul Arif Khan, Zakir Khan :   

Résumé : L'épidémie de COVID-2019 déclenchée à Wuhan, en Chine, est devenue une menace mondiale par une transmission rapide et de graves décès. Des études récentes ont découvert la séquence du génome entier du SRAS-CoV-2 (causant COVID-2019). De plus, des études métagénomiques pulmonaires sur des patients infectés ont révélé une surreprésentation de Prevotella spp. produisant certaines protéines en abondance. Nous avons effectué une analyse d'interaction protéine-protéine hôte-pathogène entre le SRAS-CoV-2 et les protéines Prevotella surreprésentées avec le protéome humain. Nous avons également effectué une analyse de surreprésentation fonctionnelle des protéines en interaction pour comprendre leur rôle dans la gravité du COVID-2019.

Résultats : Il a été constaté que les protéines Prevotella surexprimées peuvent favoriser l'infection virale. Selon les résultats, les protéines Prevotella, mais pas les protéines virales, sont impliquées dans de multiples interactions avec NF-kB, qui est impliqué dans l'augmentation de la gravité clinique de COVID-2019. Prevotella peut jouer un rôle dans l'épidémie de COVID-2019 et on devrait lui accorder l'importance nécessaire afin de comprendre les mécanismes de la maladie et ainsi améliorer les résultats des traitements.

Dans son fact check, l’AFP citait un chercheur de l’inserm : "le SARS CoV-2 ne fonctionne pas comme ça" et "Il n'y a à ma connaissance aucun lien établi entre Prevotella et SARS-CoV-2";

Chakraborty, Bio Moon, Igaal Hanouna, Dimitri Jacques et tous les autres ont animés les réseaux sociaux avec la recherche participative et collaborative.  Emettant des hypothèses, parfois questionnables, ils ne cherchaient qu’à les partager pour être validées par plus sachant qu’eux.  Leurs interrogations sur leurs travaux collaboratifs aux experts sont restées sans réponse ou ont été qualifiées d'information non vérifiée et même de fake-news.  Chakraborty avait désactivé son compte Twiter suite aux nombreuses attaques qu'il avait réçu.  

Espérons que ce ne soit que le début ou la partie visible de la science participative.

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Informations complémentaires : 

Article de référence : https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa285/5831291#203296887

A propos des auteurs : Abdul Arif Khan Division of Microbiology, Indian Council of Medical Research-National AIDS Research Institute , Pune, Maharashtra, India et Zakir Khan Department of Pathology and Laboratory Medicine; Department of Biomedical Sciences, Cedars-Sinai Medical Centre , Los Angeles, CA, USA

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