COVID - Chronique 19 – Episode épidémique terminé en Mayenne, mais que se passe-t-il ailleurs en France ?

(ndlr : cet article contient un erratum pour la chronique numéro 18 qui ne change en rien les conclusions)

Après un « break » de quinze jours, je reprends aujourd’hui ma chronique Covid (#Chroco). Je me dis qu’après deux semaines d’absence, il serait probablement judicieux de faire un « état des lieux », un point sur la situation sanitaire. D’autant plus qu’à mon retour, en rouvrant la radio et la TV, il n’était encore question que de « mauvais chiffres », de « résurgence du virus », de « dégradation ».

Souvenez-vous, nous nous étions quittés le 31 juillet sur la Mayenne, qui avait sous-estimé ses taux  d’incidence et qui en réalité faisait alors face à des niveaux de seuils épidémiques tels qu’ils sont habituellement constatés lors des grippes saisonnières.

Alors déjà une excellente nouvelle à vous donner :

L’épisode épidémique de la Mayenne est à présent terminé. Après avoir atteint un pic à 154 cas pour 100.000 habitants le 24 juillet, ce qui correspond à un niveau de seuil épidémique, la courbe s’est inversée et les nombres de nouveaux cas sur une semaine sont retombés autour d’une vingtaine, toujours pour 100.000 habitants (22,3 le 14 août, histogrammes bleus). La courbe orangée du taux de positivité des tests qui a fortement chutée, augmente à nouveau un peu, alors que les nouveaux cas diminuent. Peut-être en raison d’un possible amélioration de la qualité de l’écouvillonnage compte tenu de la multiplication importante des tests réalisés sur le département. Les équipes sur place étant sans doute à présent mieux rodées au dépistage délicat du SARS-COV-2.

Voici le graphique corrigé et actualisé :

ERRATUM : Je dois en effet faire mon mea culpa, car une erreur s’est glissée sans que je ne m’en aperçoive dans le graphique que j’avais réalisé le 31 juillet, et je vais vous expliquer pourquoi. Tout d’abord voici un extrait du fichier de données que j’avais téléchargé sur le site gouvernemental data.gouv.fr :

Ce fichier donne pour chaque département français et chaque jour depuis le 13 mai 2020, le nombre de cas confirmés positifs au SARS-COV-2 (champ ‘P’), ainsi que le nombre de tests réalisés (champ ‘T’), et cela, pour 11 classes d’âges (champ ‘cl_age90’, respectivement ‘0’, ‘9’, ‘19’, ‘29’, ‘39’, ‘49’, ‘59’, ‘69’, ‘79’, ‘89’, et ‘90’). Ce type de fichier de données est destiné habituellement à être importé dans un logiciel, de base de données relationnelles, apte à exploiter les données et par exemple à faire des sommations. Pour ma part, j’utilise Microsoft Access et je crois pouvoir dire que je suis un utilisateur aguerri. Malencontreusement, ni le fichier descriptif des données mis à disposition par data.gouv.fr (copie d’écran ci-dessous), ni la note méthodologique qui renvoie sur une URL invalide, n’apportent une définition aux différentes classes d’âges.

En fait, et rien n’alertait là-dessus, les lignes d’enregistrements avec la classe d’âges ‘0’ (surlignées en jaune plus haut) totalisent les nombres de cas positifs et les nombres de tests réalisés pour toutes les autres classes d’âges. Je n’avais jamais vu une base publique mélangeant de la sorte des données détaillées et des totaux. Je pense que d’autres utilisateurs que moi ont dus faire la même erreur. Et très clairement, je considère que ce « set » de données est très mal conçu et très mal décrit. Ayant travaillé sur de nombreuses bases de données publiques depuis l’open data en France, il me semble que leur talon d’Achille soit la médiocrité des fichiers de définition des données mises en libre accès, et souvent, il faut bien le dire des défauts de conception. Cela m’a conduit à calculer des taux d’incidence doubles de ce qu’ils auraient dû être. J’en suis vraiment navré.

Voici donc le graphique que j’aurais dû réaliser le 31 juillet en toute connaissance de cause :

Plus haut, le premier dans la chronique est une version actualisée à la date du 14 août.

Pour refermer la parenthèse, il faut savoir que c’est Cédric Mathiot, du service « Checknews » de Libération, qui a cherché à me contacter pour me signaler l’erreur et je l’en remercie. Cependant, je suis un peu peiné par le ton et la conclusion de son article publié après notre discussion, car cette erreur que j’ai commise ne change strictement rien, ni à la pertinence du titre, ni à celle de mes observations, ni aux conclusions de ma chronique du 31 juillet, qui restent valides. A titre d’exemple, aucun bulletin d’information de l’ARS Pays-de-Loire ne mentionne le pic d’incidence du 24 juillet à 154 cas pour 100.000 habitants. Le bulletin du 28 juillet donne pour le 25 juillet un taux d’incidence de 126,1, qui était en réalité de 151. 

Passons à des choses plus intéressantes qu’une erreur reconnue et maintenant rectifiée :

Quelle évolution sur la France entière des nouvelles contaminations et des tests réalisés ?

Avec moins de 24 nouveaux cas positifs pour 100.000 habitants et moins de 3% des tests positifs constatés le 14 août sur la semaine écoulée, pas de quoi s’alarmer et affoler la population. Nous sommes très loin d’un seuil épidémique (classiquement compris entre 150 et 200 pour la grippe saisonnière).

Globalement, l’augmentation des nombres de cas confirmés suit celle des nombres de tests réalisés (graphique ci-dessous). Rien de bien surprenant…

Quelle évolution dans chaque région des nouvelles contaminations et des tests réalisés ?

Mis à part peut-être la Guyane, qui a dépassé légèrement les 100 cas pour 100.000 habitants, avec 9% de tests positifs, pas d’inquiétude !

Quelle évolution dans chaque département des nouvelles contaminations et des tests réalisés ?

Les Bouches-du-Rhône ont récemment été pointées du doigt, 130 CRS envoyés sur place pour contrôler l’effectivité du port du masque rendu obligatoire en extérieur et sanctionner si besoin. Mais avec un taux d’incidence à la moitié de celui observé voici quelques semaines dans la Mayenne, pas de quoi fouetter un chat…

Suite…

RAS

Suite…

Même remarque pour Paris que pour les Bouches-du-Rhône, le taux d’incidence du deuxième département le plus peuplé de France, derrière celui du Nord, est deux fois plus faible que celui-de la Mayenne le 24 juillet…

Suite et fin

Encore la Guyane, à la fois région et département d’Outre-Mer

Qu’en dit le réseau Sentinelles* ?

(*) Nous avons parlé du réseau Sentinelles, lors de la 1^ère Chronique, ses travaux gagnent à être connus.

Son dernier bulletin hebdomadaire valant pour la semaine 33 de 2020, du 10 au 16 août, n’est en rien alarmant : « Activité faible et stable en médecine générale » pour les infections respiratoires aiguës

De même les taux d’incidence observés en médecine générale en région du 10 au 16 août sont bas.

Quelle évolution des principaux indicateurs hospitaliers ?

Les décès hospitaliers attribués au SARS-COV-2 sont restés à la date du 18 août à un niveau très bas. Aucune raison de s’inquiéter. Il n’y a pas de redémarrage…

On notera à nouveau la dissymétrie frappante entre la montée (rapide en seulement 3 semaines) et la descente après le pic de mortalité (du 6 avril 2020). Le nombre de décès covid-19 survenus après le pic est 2,3 fois plus important qu’avant. Preuve que la courbe n’a pas été aplatie et que donc le confinement généralisé n’a pas produit les effets attendus. Cette asymétrie est vraisemblablement le reflet des contaminations rampantes qui n’ont pas manqué de se produire lorsque des personnes porteuses du virus ont été enfermées dans les foyers confinés avec d’autres, à risque ou très âgées. Dès lors, le virus a bénéficié de 8 semaines pour se propager d’un membre à l’autre de la famille…

D’ailleurs, il n’y a pas non plus de remontée des nombres de patients hospitalisés en réanimation ou en soins intensifs à la date du 18 août.

A noter une asymétrie encore plus marquée pour les nombres cumulés de journées d’hospitalisation en réanimation, désormais 2,8 fois plus importants après le pic du 8 avril qu’avant. Il est clair que « l’aplatissement de la courbe » n’a pas eu lieu et que « les réanimations ont été submergées ». Le confinement généralisé a échoué, ce n’était « pas une bonne idée ».

Finalement, il est permis d’augurer que sur le modèle de l’épisode épidémique Mayennais terminé à priori sans dégâts humains (les récents bulletins d’information de l’ARS Pays-de-Loire sont rassurants et ne témoignent aucunement d’une flambée d’admissions en réanimation ou de décès hospitaliers en Mayenne, près d’un mois après le pic d’incidence du 24 juillet, alors que le Conseil Scientifique nous avait expliqué qu’il fallait 3 semaines entre l’incubation et l’apparition de formes graves avec détresse respiratoire), les augmentations modérées des taux d’incidences dans les autres départements français suite à un brassage inévitablement plus important des populations pendant la période estivale des vacances, permettront enfin l’acquisition d’une immunité collective qui fermera la pandémie…

Bref, toujours la même rengaine, l’appareil de l’Etat reste entièrement mobilisé pour maintenir la population dans la peur du nouveau (plus tant que ça maintenant) coronavirus et faire croire que les décisions prises étaient absolument nécessaires pour faire face à une situation sanitaire épouvantable…