Chronique Covid N°29 – « Santé Publique France a-t-elle manipulé les chiffres d’incidence pour faire croire à une aggravation de la pandémie dans plusieurs gros départements ? »

Effectivement, mes accusations peuvent sembler très graves. Car, il y va de la crédibilité de cette agence sanitaire, mais aussi de celle du gouvernement tout entier et de l’État français…

Mais, je pense qu’il faudrait d’urgence dépêcher une équipe solide de l’IGAS (Inspection générale des affaires sociales), pour qu’elle fasse un audit de la base de données publique SI-DEP (système d’information de dépistage, accessible ici) 

J’avais entrepris hier de réactualiser les courbes d’incidences que j’avais publiées le 18 septembre dans ma chronique N°27 (ici), et qui concernaient les 21 premiers départements classés en « rouge » (en zone de circulation active du virus) par Jean Castex le 28 août 2020.

J’avais pu objectiver à partir des données Santé Publique France téléchargées le 15 septembre, et plus précisément le fichier au format texte « sp-pos-quot-dep-2020-09-14-19h15.csv », jeu de données concernant les nombres quotidiens de nouveaux cas positifs au Covid19 entre le 13 mai et le 11 septembre 2020, que l’incidence diminuait depuis près d’une semaine dans les départements de la Gironde, de Paris, et des Bouches-du-Rhône, notamment.

Je voulais également faire un premier tracé des courbes d’incidence des 19 départements ajoutés à ce sinistre classement les 6 et 12 septembre par décrets du Premier Ministre.

J’ai donc téléchargé hier, 30 septembre, le jeu de données départementales le plus récent des nouveaux cas positifs quotidiens au SARS-COV-2 diagnostiqués par RT-PCR (fichier « sp-pos-quot-dep-2020-09-29-19h15.csv » ici). Le prochain fichier sera mis en ligne ce soir, comme chaque jour, après 19h15.

Alerté par l’allure de courbes qui manifestement montraient avec les données chargées le 15 septembre qu’un pic d’incidence avait été atteint dans bon nombre de départements, et pas des moindres, et qui avec les données chargées le 30 septembre étaient reparties à la hausse, je regardais d’un peu plus près les deux fichiers.

Quelle n’a pas été ma stupeur de constater pour la première fois des modifications très conséquentes des nombres de nouveaux cas positifs enregistrés fin août et jusqu’au 11 septembre dans le fichier téléchargé hier, avec des valeurs systématiquement réhaussées par rapport à celle figurant dans le fichier téléchargé le 15 septembre, et sans aucune mention signalée sur la page de téléchargement (ici)

Le plus simple est de prendre quelques exemples parlants :

1. Commençons par les Bouches-du-Rhône, sanctionnées par des mesures iniques et non fondées :

Comme vous pouvez le constater, l’incidence quotidienne des nouveaux cas positifs baisse de manière continue, entre le 7 septembre (916 cas) et le 11 septembre (451 cas, soit une division impressionnante par 2 depuis le 7 septembre) dans le jeu de données téléchargées le 15 septembre, alors qu’elle se maintient à un niveau élevé dans celui téléchargé le 30 septembre.

Ces modifications ne sont bien évidemment pas sans conséquence sur les données cumulées sur les 7 derniers jours, qui préludent au calcul des taux d’incidence :

Avec les données (jusqu’au 11 septembre) en ligne le 15 septembre, la chute des cumuls de nouveaux cas covid19 sur les 7 derniers était patente depuis le 5 septembre, alors que les données en ligne le 30 septembre infirment cette évolution favorable avec un dôme redressé, même si un nouveau pic est atteint le 13 septembre, et que la courbe redescend depuis…

L’indicateur classant les départements, le taux d’incidence pour 100.000 habitants, est calculé en multipliant le nombre cumulé de nouveaux cas sur 7 jours glissants par 100.000 et en divisant par le nombre d’habitants du département au 1er janvier 2020, donné par l’INSEE (ici), en l’occurrence 2.034. 469 habitants pour les Bouches-du-Rhône :

Après avoir touché un taux d’incidence de 216 cas pour 100.000 habitants le 5 septembre, 6 jours après

Nous étions dans ce département redescendus à 188, une très bonne nouvelle d’après les données du 15 septembre. Tandis qu’en chargeant celles d’hier, la modification des données opérée par Santé Publique France donnait aux mêmes dates respectivement les taux d’incidence de 216 et 227.

Nous comprenons mieux alors les propos qu’avait tenus Michèle Rubirola, mairesse de Marseille, le 24 septembre sur BFM-TV

« J’ai les chiffres de Santé Publique France. Je travaille régulièrement avec des chercheurs à l’INSERM et des gens de l’AP-HM (Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille). On ne travaille pas isolés. On n’est pas dans une posture, on est dans une réflexion. La courbe des tests monte toujours, alors que le taux d’incidence baisse… Nous, on dit qu’il n’y avait pas urgence à agir, et encore moins agir de cette façon. Et s’il nous avait concerté Olivier Véran, on aurait pu discuter avec lui, On lui aurait expliquer la situation à Marseille, qui entraîne des conséquences dramatiques pour notre vie économique et sociale… »

2. Poursuivons avec Paris qui pourrait subir les mêmes mesures iniques :

Il en était justement question au journal télévisé de 13h sur TF1 hier avec Jean-Pierre Pernaut

Voici les chiffres de Paris :

Même cas de figure, les chiffres quotidiens de nouveaux cas positifs baissaient entre le 7 et le 11 septembre selon les données téléchargées le 15 septembre, passant de 696 à 345 nouveaux cas, alors que le jeu de données téléchargé le 30 septembre montre la persistance à ces mêmes dates d’un niveau élevé de nouvelles contaminations.

Conséquences similaires sur les données en cumul des 7 derniers jours :

Mêmes causes, mêmes effets sur le taux d’incidence :

Ces modifications, nous le voyons bien, changent du tout au tout les situations sanitaires des départements. Nous avions une décrue de l’épidémie bien engagée dans le 75, et tout se passe comme si le fichier mis en ligne le 30 septembre effaçait d’un coup de gomme la courbe dessinée avec les données en ligne le 15 septembre, pour redessiner un pic encore plus haut.

La ficelle semble trop grosse !

Les Bouches-du-Rhône ont écopé d’un « rouge écarlate », comme la Guadeloupe. Voyons voir quel aura été l’effet de ces modifications fort opportunes pour les décisions liberticides du gouvernement dans ce département d’Outre-Mer, dont je saluais pourtant l’amorce d’une baisse du taux d’incidence après un pic observé à 241 nouveaux cas sur 7 jours pour 100.000 habitants le 8 septembre, redescendu à 213 le 11 septembre, dans ma chronique N°27 (ici).

3. Evolution comparée des nouveaux cas quotidiens en Guadeloupe :

Les modifications opérées par Santé Publique France peuvent paraitre modiques. Il n’en est rien, ce département est moins peuplé (376. 879 habitants) et les corrections réalisées sur les fichiers, nous allons le voir, sont suffisantes pour impacter fortement sur le taux d’incidence…

Regardons déjà l’impact sur les chiffres cumulés sur les 7 derniers jours :

Nous voyons déjà très nettement la dissociation des 2 courbes

Idem avec les courbes d’incidence

Il n’est pas inintéressant de vérifier si de telles modifications ont été aussi appliquées aux 19 départements classés rouges les 6 et 12 septembre par Jean Castex…

4. Prenons par exemple le département du Nord, second plus peuplé en France, avec ses 2.588.988 habitants au 1^er janvier 2020 :

Encore de très grosses distorsions entre les deux fichiers téléchargés à 15 jours d’intervalle sur les nombres de nouveaux cas quotidiens aux mêmes dates entre le 7 et le 11 septembre. Baisse ininterrompue de l’incidence de 846 à 341 nouveaux cas journaliers avec le fichier importé le 15 janvier et maintien à un niveau élevé de l’incidence pour l’autre fichier du 30 septembre…

Quel effet sur les nombres de nouveaux cas cumulés sur une semaine glissante ?

Et sur le taux d’incidence ?

Alors que l’incidence s’orientait à la baisse ici encore après un pic à 143 cas nouveaux pour 100.000 habitants le 3 septembre, nous aurions atteints dans la Nord un pic à 225 près de deux fois plus haut, le 20 septembre ?

Difficile à croire tout de même !

Ces modifications sont très suspectes et c’est en réalité toute la confiance qu’on avait dans leur fiabilité qui s’écroule !

Peut-être est-ce plutôt le système d’information de dépistage qui s’emballe plus que l’épidémie ?

Avouez que s’il y a eu un « tripatouillage » des données pour faire croire à une aggravation de la situation sanitaire justifiant les nouvelles mesures, ce serait d’une extrême gravité.

Un scandale véritable d’État…

5. Passons dans le département voisin du Pas-de-Calais :

Idem, le 11 septembre le nombre de nouveaux cas est triple dans le fichier du 30 septembre comparé à celui de 15 septembre !

Le nombre de cas cumulés sur 7 jours :

Sans commentaire

Le taux d’incidence ?

Cela fait aussi une différence, vous ne trouvez pas ?

6. Un petit dernier pour la route, les Pyrénées-Atlantiques :

A part le 6 septembre, du 2 au 11, les nombres de nouveaux cas sont systématiquement plus volumineux dans le fichier mis en ligne le 30 septembre. De telles modifications forcément impactent fortement sur le taux d’incidence…

D’abord les données cumulées sur 7 jours :

Et le taux d’incidence ?

Un pic d’incidence pour une infection respiratoire aiguë à virus, ça monte et redescend aussi vite. Comme les arbres, ça ne monte jamais jusqu’au ciel.

Les modifications observées n’auraient jamais dû avoir lieu. Elles sont incompréhensibles. C’est une faute grave de les avoir commises…

Santé publique France a-t-elle agit sur ordre ? D’où est-il venu ? Pourquoi ? Dans quels intérêts ?

S’il s’avérait que des petites mains ont bidouillé dans la base de données SI-DEP, alors les soupçons légitimement s’orienteraient vers l’exécutif.