Pour une vision plus fidèle de la circulation du virus : les données du SARS-Cov-2 dans les eaux usées sont désormais en open data

Depuis le début de la pandémie, le réseau Obépine, (Observatoire Épidémiologique dans les Eaux usées) détecte et trace le virus SARS-Cov-2 dans les eaux usées. Ce système de suivi de la propagation a le grand avantage de permettre un suivi très détaillé, à l’échelle du quartier, qui permet une planification et des mesures plus en phase avec la circulation réelle du virus.
Malgré la quantité importante d'informations très précises que l’on peut collecter dans les égouts, l'expérience des derniers confinements montre que les conclusions tirées des analyses d’eau usées n’ont pas été suivies de réactions rapides des autorités et des services de l'État. Bien au contraire: les chiffres recueillis au niveau départemental ne permettaient pas de justifier un confinement national. Heureusement, à partir du lundi 25 janvier, les données du réseau Obépine sont désormais ouvertes. Cela permettra-t-il une réaction plus rapide, et des mesures plus adéquates pour chaque région?

Pourquoi ces données sont-elles ces données importantes et plus fidèles que les tests?

Le Coronavirus se fixe sur des récepteurs présents à la fois dans les poumons et le tube digestif, et, selon une nouvelle méta-analyse  environ 16 % des cas de Covid-19, sont pris en charge uniquement pour des problèmes gastro-intestinaux. Les personnes infectées vont alors excréter le virus dans leurs selles, qui se retrouve dans les eaux usées.
Le réseau Obépine peut alors“ alerter de manière anticipée sur l’augmentation probable du nombre de porteurs du virus dans une zone correspondant au bassin versant de la station analysée”.
Pour Vincent Maréchal, virologue à Sorbonne Université et cofondateur du réseau, l'intérêt est de grande ampleur, car l’analyse des eaux usées donnera une vision fidèle de l'évolution de la circulation du virus dans les populations. “Il s’agit d’un indicateur macroépidémiologique très intéressant car on peut avoir un instantané assez précis d’une situation.” À la différence des résultats des tests, qui donnent une vision avec plusieurs jours de retard sur la réalité.
En effet, en plus du problème de retard inhérent aux tests, les données sont biaisées. D’un côté, elles ne comptabilisent pas les cas asymptomatiques (les personnes asymptomatiques ne se font généralement pas tester alors que  50 à 60 % des cas sont asymptomatiques) et d’un autre côté elles dépendent des stratégies et capacités de test mise en place (capacité de dépistage, la priorisation ou non des tests selon les personnes, prise en compte des tests antigéniques,  vacances scolaires, et d’autres facteurs) .
Outre le caractère hyper localisé des analyses, l’observatoire travaille aussi sur les méthodes d'analyse pour permettre de détecter les quantités de variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées.

Une ouverture timide qui aura peut être un impact pour mieux décider du troisième confinement?

Vincent Maréchal  regrette que les données Obépine n’aient pas pu permettre d’anticiper la deuxième vague, qui, selon lui a été détectée en juin 2020 dans les eaux usées. La libération des données pourrait permettre d'exercer une pression de la part de la société civile. Cependant, l’ouverture des données ne se fera que progressivement.
Sur les 150  stations d'épuration suivies par Obépine, l’ouverture concerne au départ seulement une quarantaine d’entre elles.
Des courbes par ville sont présentées sous la forme d’un indicateur de tendance pour le suivi de l’épidémie par une quantification des génomes viraux dans les eaux usées. Ces données sont desormais consultables en ligne: https://www.reseau-obepine.fr/newsletter/