Histoire du COVID-19 – chapitre 8 : Questions ouvertes à l'Institut Pasteur.

Partie 3. Li-Meng Yan vole la vedette aux chercheurs de renom et pose des questions ouvertes aux experts de l'Institut Pasteur

Li-Meng Yan : lanceuse d'alerte, chercheuse transfuge ou agent-double ?

Nous allons voir à présent ce que dit précisément Li Meng Yan, la jeune femme chercheuse et transfuge de Hong-Kong exilée aux USA depuis le 28 avril 2020, au sujet du RBM du SARS-Cov2. Cette post-doctorante a débarqué sur un aéroport américain en prétendant aux officiers d'immigration que le SARS-Cov2 n'était pas d'origine naturelle, mais élaboré à partir des virus ZC45 et ZXC21 issus de la recherche militaire chinoise. Elle affirmait qu'elle en détenait les preuves. Cette histoire a été rapportée par la presse et les media télévisuels aux USA. En France, elle a été accusée par la presse d'être une proche de l'administration Trump. L'article de Libération paru sur elle fait preuve de mauvaise foi en la qualifiant de façon péjorative de « lanceuse d'alerte autoproclamée ». Notons toutefois que certains articles, comme celui du site profession-gendarme.com, prennent au sérieux la possibilité d'un virus manipulée en Chine continentale à Wuhan. Selon NTD (New Tang Dynasty), la chaîne américaine d'information sur la Chine et pro administration Trump, la mère de Li-Meng Yan aurait été arrêtée en Chine.

Vu la nature complotiste « enthousiaste » des affirmations de Li-Meng Yan nous dressons un portrait rapide d'elle qui peut-être semblera injuste mais résume les critiques qu'on peut lui porter a priori.

La « dissidence » de Li-Meng Yan a été présentée d'une façon qui rappelle un peu le style des héros scientifiques, transfuges est-ouest durant la guerre froide, qui au cours d'un voyage d'étude ou se rendant à une conférence en profitait pour faire des déclarations fracassantes et trouver refuge à l'Ouest. Elle raconte que les pressions exercées sur elle l'ont obligée à quitter Hong-Kong qui est devenue, depuis sa rétrocession à la Chine par le Royaume-Uni en 1997, une région avec un statut administratif spécial. La question des circonstances dans lesquelles elle a quitté Hong Kong au moins d'avril, c'est-à-dire au moment du premier pic épidémique aux USA, ne se pose pas sur le plan politique car seules les restrictions dues au Covid-19 auraient pu l'empêcher de voyager, le statut politique spécial de Hong Kong le lui permettant. Cela relativise sa qualité de transfuge mais il faut avouer qu'elle a pas mal de courage quand-même lorsqu'elle affirme avec force « qu'on sait tout de suite qui ne veut surtout pas entendre parler de l'hypothèse d'un virus manipulé et que ça en dit long sur qui on a affaire ».

Elle a agi probablement de bonne foi, se rebellant contre l'omerta scientifique ambiante dont nous avons eu de beaux exemples avec les déclarations lénifiantes de beaucoup d'intervenants virologues français. Si on regarde les faits en face, à l'aune de la partie de bras de fer que se livrent les USA et la Chine, on peut se demander si il n'y pas eu là quelque part une manipulation ou du moins un encouragement fait à Li-Meng Yan de la part de contacts politisés parmi la diaspora chinoise aux USA. Ces deux nations sont tout aussi coupables l'une que l'autre en matière de recherches GOF, même si la Chine semble avoir largement devancé les USA, non pas en terme de technique, mais en terme de ce qu'on appelle vulgairement la psychologie du « no-limit ». Pour résumer, les propos de Li-Meng Yan semblent plus inspirés par une sincérité intuitive, récupérée politiquement, que par une volonté de désinformation pure où vérités et de contre-vérités s'imbriqueraient. On peut se demander, par exemple, si son acharnement à affirmer que le SARS-Cov2 est fabriqué à partir du ZC45 militaire ne servirait pas in fine à distraire l'attention internationale de Shi Zheng Li et les manipulations GOF extrêmes réalisées dans son laboratoire à l'Institut de Virologie de Wuhan. En tout cas, comme nous allons le voir elle ne manque pas de pugnacité dans ses affirmations fracassantes et fait preuve d'intelligence malgré un cursus scientifique relativement modeste. Ses propos séditieux contre la pensée unique imposée par l'oligarchie lui ont valu d'avoir son compte twitter suspendu.

Sur le plan scientifique, avec Li-Meng Yan, nous ne sommes pas en présence d'une éminente savante à l'instar des dissidents soviétiques de la guerre froide. Ce qui est très intéressant est que nous avons affaire à une étudiante avec un MD (Medical Doctorate) de la Faculté de Santé Publique de l'Université de Hong-Kong. Elle a également poursuivi une thèse en virologie au Centre Collaboratif de l'OMS en matière d'épidémiologie et de contrôle des maladies infectieuses (WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Epidemiology and Control) qui est affilié à cette même université. Sa production scientifique en matière de publication est consultable sur le site PubMed, un juge de paix en matière d'excellence scientifique. On y trouve qu'elle est auteur, depuis 2012 date de sa première parution, de 7 articles dont seulement 2 comme premier auteur et 3 comme second auteur. Elle est donc de ce point de vue une étudiante tout à fait normale, à peine diplômée et sans réelle expérience post-doctorale. Elle n'est donc pas vraiment un chercheur scientifique confirmé et expérimenté.

Les éléments qu'elle considère comme des preuves de l'origine manipulée du SARS-Cov2, sont exposés dans deux articles libres. Ce sont des textes à caractère scientifiques qu'elle nomme « rapports » et qu'elle signe en premier auteur. lls sont mis en ligne sur le site de l'association Rule of Law Society & Rule of Law Foundation située à New York. D'autres auteurs, qu'elle appelle « son équipe », sont présents. Ils sont tous chinois membres de l'association et munis de titres Ph.D, bien qu'il soit impossible d'établir leur affiliation universitaire réelle. La Law Society & Rule of Law Foundation est une association politique américaine dont le but est de promouvoir la démocratie en Chine, ou du moins de lancer et d'entretenir des alertes sur ses manquements aux droits de l'homme. Sans porter de jugement, il faut reconnaître là un outil de propagande politique comme la chaîne NTD. Malgré leurs défauts évidents, ces media peuvent parfois révéler la réalité d'un problème tue par la presse dite mainstream, c'est-à-dire dominante, comme la possibilité de fraude électorale massive par manipulation des machines à voter, qui semblerait avoir eu lieu lors des élections présidentielles américaines.

Le premier article de Li-Meng Yan a été revu avec avis négatif par un panel du MIT (Massachusetts Institut of Technolgy) composé d'éminences comme le bien connu professeur Gallo. Ces grands scientifiques ont rejeté l'article avec comme verdict que l'étude présente « de graves défauts et erreurs de méthodes et de données » qui rendent ses conclusions qualifiables de « désinformation » selon le site French China Org dont le but est visiblement de maintenir une bonne image de la Chine en France. Cependant, ne nous arrêtons pas là et examinons en substance ses affirmations.

Li-Meng Yan une étudiante en fait pas si mauvaise que ça

Malgré tout ce que nous avons dit précédemment, les articles libres de Li-Meng Yan doivent être lus et compris.

Son premier rapport, paru le 14 septembre 2020 sur le site Zenodo, s'intitule : « Des caractéristiques inhabituelles du génomes du SARS-Cov2 suggère une manipulation sophistiquée de laboratoire plutôt qu'une évolution naturelle. Délimitation d'une route synthétique possible. » (Unusual Features of the SARS-CoV-2 Genome Suggesting Sophisticated Laboratory Modification Rather Than Natural Evolution and Delineation of Its Probable Synthetic Route)».

Ce premier article d'un format tout à fait scientifique mérite largement l'attention. Il a d'ailleurs été vu 1 million de fois et téléchargé 720 000 fois, de quoi faire pâlir d'envie n'importe quel chercheur de renom. Il faut dire qu'un article scientifique est considéré avoir du succès dès lors qu'il est cité quelques dizaines de fois.  En général il n'est pas téléchargé plus que quelques centaines de fois et dans de rares cas des milliers de fois. Le succès phénoménal du premier rapport de Li-Meng Yan est donc sans commune mesure avec tous les articles scientifiques expliquant l'origine présumée naturelle du virus, souvent écrits dans un langage abscons et ésotérique propre à la science. Le moto systématique sous-jacent est que tout ce qui est observé d'inhabituel à propos du SARS-Cov2 est forcément d'origine naturelle, étant donné qu'il est inconcevable qu'il puisse en être autrement. Une forme de raisonnement elliptique dogmatique digne de la papauté qui malheureusement a fait des ravages tout au long de la pandémie de Covid-19.  Cela est constamment affirmé en filigrane malgré les possibilités avérées et les preuves accablantes de manipulations GOF des coronavirus à SARS ces 15 dernières années. Comme l'affirme Li-Meng Yan il faut se rendre compte que les journaux scientifiques ont clairement censuré toute opinion contradictoire sur l'origine naturelle du SARS-Cov2, et que les articles produit dans ce sens sont restés au stade de preprints.

Sans entrer dans une analyse complète de ce rapport, nous en présentons ici les cinq points essentiels sur lesquels nous aimerions avoir des explications de la part des spécialistes en virologie de l'Institut Pasteur. Nous les invitons cordialement à répondre à cet article.

Tout d'abord, elle attire l'attention sur le fait que la séquence d'acides aminés (aa) de la protéine enveloppe E est 100% conservée entre le SARS-Cov2, le RaTG13 et les virus ZC45 et ZXC21. Selon elle, ce n'est pas cohérent avec le fait que l'on a observé pendant les premiers mois de l'épidémie des mutations sur la protéine E. Cela est particulièrement étrange, il est vrai, par ce que cela veut dire que la conservation à 100% de la protéine n'est pas nécessaire à la sauvegarde de sa fonction. D'ailleurs aucun coronavirus répertorié, mis à part le Pan-Cov-GD et le RaTG13 ne partage 100% d'identité avec la protéine E du virus ZC45. Cela n'est donc pas une situation normale et mérite des explications. 

Elle fait également remarquer à raison que le gène codé par l'Orf8, correspond à une fonction inconnue jusqu'à présent mais qui chez le SARS-CoV-2, d'après des résultats établis récemment,  permettrait au virus d'échapper à l'immunité adaptative de l'hôte par la suppression du complexe d'histocompatibilité MHC-I, un élément ultra essentiel de la défense immunitaire. Cela permettrait dont au virus de contrer la production éventuelle d'anticorps et expliquerait sont très fort taux de réplication observé. Elle souligne également que normalement l'Orf8 n'est que faiblement conservé parmi les coronavirus. La protéine de l'Orf8 du couple ZC45/ZXC21 partage 94.2% d'identité avec l'Orf8 du SARS-CoV-2 alors que les autres coronavirus ne partage pas plus de 58% d'identité avec celui-ci. Il s'agit donc d'une proximité hautement inhabituelle. A noter également le même pourcentage d'identité très élevé avec l'Orf8 des virus RaTG13 et du Pan-Cov-GD, ce qui renforce notre certitude sur la proximité entre ces 3 virus. La présence de ce gène non indispensable au virus semble avoir une importance dramatique dans l'émergence pandémique et peut donc avoir été la cible de manipulation GOF. La perte progressive par délétion de fragments de  l'Orf8 a été associée avec les phases intermédiaire et finale de l'épidémie de SARS-Cov où la capacité de réplication du virus était divisée par 20. Ces résultats spectaculaires sur les conditions d'émergence et de fin d'une épidémie ont été connus à partir de leur publication dans Nature le 11 octobre 2018.

En ce qui concerne le RBM du SARS-Cov2, elle montre qu'il présente la particularité d'être flanqué, avec une grande précision, à chacune de ses extrémités d'un site de restriction unique sur le gène S, ce qui en permet l'échange du RBM très facilement. Il s'agit des sites EcoRI et BsTEII. Ces deux sites de restriction impliquent 6 nucléotides de sorte qu'ils sont assez rares (voir chap. 5) et se produisent aléatoirement en moyenne environ tous les 4096 nucléotides, mais leur répartition n'est pas régulière.  Sur les 29.900 nucléotides que compte le génome du SARS-Cov2 le site EcoRI apparaît 9 fois et le site BstEII 4 fois. Et le « hasard » faisant bien les choses ; ils apparaissaient de façon unique dans l'ORF du gène S qui est d'une longueur de 3822 nt (de la position 21563 à 25384) ce qui est statistiquement cohérent. Cependant, leur position est sur le plan de la possibilité de manipuler le RBM tout à fait remarquable. Les microbiologistes qui voudraient vérifier les propriétés du RBM du SARS-Cov2 ont la tâche grandement facilitée. Il faut en profiter ce n'est pas tous les jours cocagne. Notons au passage que d'éminents chercheurs de l'Institut Pasteur ne s'étaient pas privés d'affirmer que si il y avait eu manipulation du SARS-Cov2, des traces de manipulations telles que des sites de restrictions devraient subsister aux points clés...

Sans entrer dans les détails, Li-Meng Yan met en avant que le génome du SARS-CoV-2 contient un site de clivage de la furine au niveau de la protéine S (en fait à l'intersection des domaines S1 et S2). Elle soulève le fait que ce site est absent dans cette classe de coronavirus. Elle s'est fait contrer par le Pr Gallo à ce sujet qui lui réplique que cette classe est trop réduite pour en tirer une conclusion, sous- entendu qu'elle ne couvrirait que les deux virus ayant entraîner une épidémie de SARS (i.e. le SARS-Cov2 et le SARS-Cov) chez l'homme. Mais de toute évidence, ce site est absent à cet endroit chez quelques autres virus identifiés comme étant à SARS par les caractéristiques de leur RBM comme le  RsSCH014, le Rs3337, le RaT13 et les virus Pan-Cov-GX et Pan-Cov-GD qui ont entraîné le SARS chez les pangolins. Les virus ZC45 et ZXC21 entraînent également le SARS chez les rats de laboratoire sans posséder un tel site. Aucun de ces virus ne possède de site de clivage de la furine entre S1 et S2. Ce site n'existe pas non plus dans le coronavirus humain HCoV229E responsable de symptômes grippaux communs et bien d'autres.

Donc, la présence de ce site fait polémique parmi certains chercheurs car, sans être indispensable, il a conféré au SARS-Cov2 un gain de fonction infectieuse. Alexandra Henrion Caude, généticienne et ancienne directrice de recherche au CNRS à fait valoir que l'insertion de ce site fait d'ailleurs l'objet d'un brevet dans le domaine de la manipulation génétique des virus. Dans la partie 4 de ce chapitre, nous en parlerons plus avec la thèse d'Ariane Bonnin. Cette thèse effectuée à l'Institut Pasteur de Lille traite de l'insertion artificielle du site de la furine dans le coronavirus grippal humain HCoV-229E.  

Finalement le dernier point que nous sélectionnons dans le travail de Li-Meng Yan est le fait très étrange qu'elle soulève dans son second rapport à propos du ratio de mutations synonymes versus mutations non-synonymes Ks/Ka (également noté dS/dN) entre le SARS-Cov2 et son plus proche parent le RaTG13. Parfois les termes mutation silencieuse et non-silencieuse sont utilisés mais la signification est la même. Il faut savoir que lorsque qu'un génome mute certains changements ponctuels de nucléotides ne se traduisent pas par un changement d'acide aminé au niveau de la protéine exprimée. Par exemple, l'acide aminé glutamine (Q) est codé par deux codons caa et cag de sorte que si caa est muté en cag alors aucun changement n'a lieu au niveau de la protéine codée. Beaucoup d'acides aminés correspondent à 4 codons possibles (valine, proline, alanine,...), la leucine correspond même à 6 codons possibles. De ce fait les mutations qui n'engendrent pas de changements au niveau protéique sont appelées synonymes et les autres qui induisent des changements sont appelées non-synonymes (voir chapitre 6 partie 3). Étant donné que seules les mutations non-synonymes peuvent engendrer une modification de fonctionnement de l'organisme considéré (ici les coronavirus), en général plus rarement bénéfique que délétère, elles sont bien moins fréquentes que les mutations synonymes qui ont un effet neutre et peuvent se produire sans risque. Cependant au cours d'une adaptation les mutations non-synonymes peuvent devenir plus fréquentes que les synonymes. On appelle ce phénomène la sélection positive l'inverse étant la sélection purifiante.

Li-Meng Yan établit une comparaison avec les virus jumeaux ZV45 et ZXC31. Elle calcule que la paire SARS-Cov2/RaTG13 a un ratio Ks/Ka de 44.0 au niveau du domaine S2 (voir tableau, figure ci-après). Par contre, le ratio global de la protéine S est de 5.4, une valeur plus cohérente d'après elle. Elle a tort sur ce point, car pour une paire évolutive de coronavirus de chauve-souris impliquant le franchissement de la barrière d'espèce vers l'homme le ratio global Ks/Ka de la protéine S devrait être proche de 1. Nous démontrons cela dans la prochaine section. Elle affirme que le ratio de 44. est tout à fait aberrant et indique une manipulation du virus pour obtenir un ratio global autour de la valeur 5. Précisons ici que Jean-Claude Perez et le Pr. Luc Montagnier avaient fait la même observation dans la mise à jour de leur article dans Granthaalayah, déposée sur le site ResearchGate dès avril 2020. Cette observation a été balayée du revers de la main par les experts virologues sans aucune forme d'explication car ce sont des gens jaloux de leur connaissance. Les conclusions, relayées par la presse, du panel d'experts virologues sur le second rapport de Li-Meng Yan étaient que ce n'était qu'un manisfeste de propagande. Cependant, Li-Meng Yan avait, encore une fois, pointé quelque chose de critique sur le virus que nous analysons plus en détail dans la section qui suit.

Notre analyse du ratio de mutation synonyme/non-synonymes (Ks/Ka) du SARS-Cov2 par rapport à son proche parent présumé donne raison à Li-Meng Yan sur ce point

Tout d'abord mentionnons que des taux Ks/Ka très élevés peuvent être observés (sélection purifiante extrême). Nous avons consacré la partie 3 du chapitre 6 à expliquer en détails comment les horloges moléculaires nous renseignaient sur la pression évolutive différentielle à laquelle les différentes parties d'un virus pouvaient être soumises. Ainsi, le gène de la capside du poliovirus, un virus à ARN qui comme les coronavirus mute a un taux de mutation très élevé, affiche un ratio Ks/Ka = 30. La raison en est que les protéines de la capside assurent plusieurs rôles essentiels comme nucléo-capside, protéines d'enveloppe s'assemblant en un volume géométrique très complexe et protéines servant à la pénétration cellulaire. Ce cumul des fonctions est si parfaitement agencé qu'il ne tolère qu'un nombre très restreint de mutations réelles (non-synonymes). De même, l'étude de Lau et al. (2010) a mesuré que la protéine S des coronavirus de chauve-souris de type SARS affichait un ratio Ks/Ka proche de 20 en raison de l'aboutissement évolutif des coronavirus dans ce réservoir. Chez les chauves-souris, cette protéine essentielle à la survie du virus est optimisée par l'évolution et de ce fait elle ne tolère que très peu de mutations non-synonymes.

Il faut également se rendre compte que les horloges Ks et Ka ne peuvent s'établir qu'à partir d'un arbre phylogénétique qui possède une référence temporelle établie. De ce fait les valeurs déduites par les comparaisons deux à deux faite par Li-Meng Yan ne tiennent pas compte de l'évolution réelle entre les virus. C'est-à-dire qu'ils ne sont pas nécessairement des descendants ou ascendants directs mais le fruit d'ancêtres communs non identifiés. De ce fait on ne connaît pas exactement le nombre d'années évolutives qui les séparent. Nous avons situé par calcul l'ancêtre commun du SARS-Cov2 et du RaTG13 dans une période assez large allant de fin 2008 à 2015. Nous renvoyons encore le lecteur à la  partie 3 du chapitre 6 pour plus ample détail. Voilà pour ce qui concerne les critiques qui font que ce point soulevé par Li-Meng Yan n'est pas pris en compte à tort. En effet, lorsqu'un virus franchit la barrière des espèces certaines partie du virus doivent s'adapter pour se propager de manière optimale dans le nouvel hôte et cela conduit à un ratio Ks/Ka qui diminue (biais vers la sélection positive). Lau et al. en 2010 ont mesuré que ce ratio descendait à 1.5 pour le passage à l'homme en ce qui concernait le SARS-Cov.

Li-Meng Yan a donc été maladroite car elle a pris pour comparaison la paire de virus ZC45 et ZXC21, tous les deux des virus de chauve-souris, alors qu'il fallait prendre une paire semblable à SARS-Cov2 et RaTG13, impliquant le franchissement de la barrière inter-espèce. Il y avait de manière évidente le virus SARC-Cov et les deux virus SARS-Bat-Cov les plus proches, Rs3367 et RsSCH014, identifiés par Shi Zheng Li en 2011-2012. Approximativement, un même nombre d'années évolutives, 8 à 10 ans, séparent les virus de ces paires. La différence d'identité génomique entre SARS-Cov/Rs3367 (4,1 %) et SARS-Cov/RsSCH014 (4,5 %) se trouve dans la même zone que celle de SARS-Cov2 et RaTG13 (3.8 %) ce qui ouvre la possibilité de comparaisons pertinentes. La protéine S du virus Rs3367 à un RBM identique à 93%, en terme de composition en aa, à celle du SARS-Cov et pour le virus RsSCH014 le RBM est seulement 53.5% identique ce qui permet d'encadrer la différence entre le RBM du SARS-Cov2 et le RaTG13 qui est de 77,8 %.

Nous avons donc reproduit le résultat de Li-Meng Yan pour la paire SARS-Cov2/RaTG13 et fait un calcul identique sur les deux autres paires correspondant également à un franchissement de la barrière d'espèce. Nous observons qu'il y a une forte adaptation évolutive positive (Ks/Ka < 1.) entre le SARS-Cov et le RsSCH014, globale au niveau de la protéine S1 et encore plus marquée sur le RBM (Ks/Ka = 0.25). Cette nécessité d'adaptation est moindre pour la protéine S du Rs3367 plus proche de celle du SARS-Cov (aa 92.2%) que le RsSCH014 (aa 89.9%) avec un ratio Ks/Ka qui prend la valeur 1.5 pour le RBM de la paire SARS-Cov/Rs3367. Tout cela est parfaitement cohérent et logique.

Maintenant si l'on apprécie ce qui se passe pour la paire SARS-Cov2RaTG13 à l'aune des deux autres paires on s'aperçoit que seule le ratio de Ks/Ka = 1.1 pour le RBM (77,8%) d'identité est cohérent par rapport aux RBM des deux autres paires de virus. Mais le nombre de mutations non-synonymes (courbe rouge) sur le domaine S1 qui s'adapte au nouvel hôte devrait être supérieur au nombre de mutations synonymes (courbe verte).

Mais cela n'est pas possible parce qu'en l’occurrence l'identité de 97,4 % de la protéine S du SARS-Cov2 avec celle du RaTG13  est supérieure à celle des 2 autres paires (92.2 et 89.9%) malgré un taux d'identité au niveau des génomes complet similaire (autour de 96%).

Le problème est que 66% (20/30 aa) des différences ente le SARS-Cov2 et la protéine S du RaTG13 se produisent dans le RBM et le site de la furine. Si l'on fait abstraction de ces deux sites le pourcentage d'identité est 99.1% (98,8 sur S1 et 99,7 % sur S2) ce qui montre un rapport de proximité extraordinaire et au final peu naturel entre ces deux virus. En effet, comme nous l'avons montré dans la partie 2 la comparaison systématique des coronavirus de type Bat-SARS-Cov montre la divergence naturelle du domaine S1 de la protéine S, en particulier du sous-domaine S1-N-terminal et du RBM. 

Comme le montre les calculs sur les paires évolutives SARS-Cov/Rs3367 et SARS-Cov/RsSCH014, indubitablement naturelles, lors du franchissement de la barrière d'espèce la protéine S est très adaptable sur sa partie S1 (Ks/ka ≤ 1.) et très peu adaptable sur sa partie S2 (Ks/Ka largement supérieur à 1.) dont dépend la stabilité du trimère S. Les valeurs du ratio sur la partie S2 sont élevées sans dépasser 10. La valeur de 44. obtenue pour la paire SARS-Cov2/RaTG13 apparaît donc par conséquence aberrante.

Les chiffres ne mentent pas.  Li-Meng Yan n'a pas poussé son raisonnement suffisamment loin, mais elle a raison quand elle affirme qu'il y a un problème de cohérence dans le ratio de mutations calculé entre SARS-Cov2 et RaTG13. A une dizaine de changements près sur les 1273 aa qui la composent, la protéine S du SARS-Cov2 semble  tout simplement être celle du RaTG13 sur laquelle l'évolution aurait branché directement un nouveau RBM et le site de la furine.

Notre analyse de ses sites de restriction montre que Li-Meng Yan a mis le doigt sur un autre problème réel

En considérant une répartition aléatoire des nucléotides le long d'un génome nous pouvons appliquer une méthode de calcul simple de la probabilité que ces 2 sites particuliers se retrouvent simultanément aux endroits précis indiqués par Li-Meng Yan. On trouve (1/4)12 soit 1 chance sur 16,7 millions. Maintenant, évidemment si l'on considère qu'il existe une quinzaine de sites de restriction impliquant 6 nucléotides la probabilité pour que deux de ces sites pris au hasard se produisent en 2 endroits particuliers tombe à 1 chance sur 74 000. C'est-à-dire qu'en moyenne une séquence de coronavirus sur 74 000 coronavirus serait naturellement prête pour une manipulation de son RBM par un microbiologiste.

Ce calcul serait juste si le RBM était variable à ses extrémités mais ce n'est pas le cas. Les RBM des coronavirus de type SARS ont la particularité de présenter des acides aminés extrêmement conservés à leurs deux extrémités. Ce sont les triplets WNT du côté N-terminal et GYQ ou GHQ du côté C-terminal.

Il faut noter que WNT correspond à 8 enchaînements possibles de 9 nucléotides qui excluent totalement la possibilité gaacac de EcoRI. Par contre, GYQ ou GHQ peuvent correspondre à la présence de la séquence ggtxacc de BsTEII mais c'est loin d'être systématique car G correspond à 4 codons possibles et Y et H à 2 codons possibles ce qui donne qu'une chance sur 8 d'avoir le site BsTEII directement à cet endroit avec l'une de ces deux séquences. Mais avec 1 ou 2 mutations ponctuelles synonymes on peut obtenir le site BsTEII sans changer la composition en acides aminés du RBM ce qui est intéressant. Par exemple, dans le gène S du SAR-Cov une seule mutation est nécessaire (ggctacc en  ggttacc). Mais ce qui est encore plus intéressant c'est que les trois virus SARS-Cov2, RaTG13 et Pan-Cov-GD portent directement ce site au niveau du triplet GYQ. La probabilité que cela arrive par hasard est PBsTEII = 1 chance sur 83 (512)..

Avec le logiciel en ligne BLAST nous avons extrait les séquences contenues dans GenBank qui correspondent à un RBM en utilisant les séquences aa du RBM du RsSCH014 (71 aa) et du ZC45 (52 aa). Nous avons de ce fait extrait de GenBank toute la panoplie des séquences de virus Bat-SARS-like, Bat-SL-coronavirus et Bat-coronavirus. Du côté C-terminal le triplet omniprésent est GYP à une 1 ou 2 exceptions près (GHQ ou NYQ) pour les séquences de longueur proche de 70-72 aa. Cela garantit la possibilité de disposer naturellement ou par manipulation réduite le site BsTEII pour les coronavirus avec un RBM de ce type. Pour les coronavirus dont le RBM est de même longueur de celui du ZC45 on retrouve essentiellement le triplet EYQ (exceptions possibles NYQ ou AYQ) qui ne permet pas d'obtenir ce site naturellement mais effectivement il peut être introduit facilement.  Il y a énormément de séquences redondantes et nous avons essayé d'estimer le nombre de séquences distinctes impliquées. Nous avons éliminé les séquences surabondantes de SARS-Cov2 et les structures X-ray, par diffraction électronique et les constructions synthétiques. Ce travail n'est pas parfait mais indicatif. Il y  environ 110 séquences et 50 séquences, respectivement pour les RBM longs et les RBM courts, correspondant au séquençage d'isolats distincts.

Du coté N-terminal, quelle que soit la longueur du RBM, le triplet WNT est 100% conservé à l'exception du  SARS-Cov2, du RaTG13, du Pan-Cov-GD et d'un mystérieux quatrième coronavirus (dont un fragment de 0,6% du génome a été déposé à GenBank en septembre 2019) qui présente le triplet WNS. Avoir ce triplet implique 1 chance sur 3 d'avoir la présence du site EcoRI au niveau de la séquence nucléique (W est codé par un codon unique, N par 2 codons seulement, et S correspond à 6 codons dont 4 sur 6 peuvent correspondre à EcoRI). Nous ne savons pas si la séquence nucléique du triplet WNS du virus japonais contient le site EcoRI (gaattc) car seule la séquence en acides aminés a été déposée. On peut donc considérer que la probabilité statistique de rencontrer directement la séquence EcoRI à l'extrémité N-ter du RBM est P EcoRI = 0.5*(4/6)*FreqWNS. , avec  FreqWNS  étant la fréquence d'apparition du triplet WNS que nous estimons à 1/(110 + 50) (paragraphe précédent) en faisant abstraction des virus SARS-Cov2, RaTG13 et Pan-Cov-GD.

Au final, les chances d'avoir les 3 virus flanqués des sites EcoRI et BsTEII à leurs deux extrémités est  P_BsTEII xP_EcoRI = [(0.5*(4/6)*Freq_WNS)]^3x(1/512) c'est-à-dire 1 chance sur 56,6 milliards. Si l'on considère seulement le nombre de betacoronavirus 2b distincts (Freq_WNS = 69) au lieu du nombre d'isolats distincts, cette probabilité est de 1 chance sur 5 milliards.

C'est un calcul indéniable qui pose question. On voit bien comment la réponse à la question peut être apportée en testant systématiquement par PCR, avec un primer correspondant à l'extrémité WNT/S du RBM, tous les prélèvements de guano de chauve-souris. Cela est très facile.

D'ailleurs, le mot d'ordre confidentiel de la recherche internationale a été pendant l'année 2020 de séquencer tous les échantillons de matière fécale de chauve-souris stockés dans les laboratoires de recherche. Le but officiel était de trouver un proche parent du SARS-Cov2. Mais il s'agit d'une recherche de dupe parce que le proche parent du SARS-Cov2 est le RaTG13 à défaut d'un autre virus encore plus proche qui aurait pu être repéré dans un hôte intermédiaire en relation avec les marchés ou les fermes d'élevage de gibier. Peut-être que le but inavoué serait-ce plutôt de prouver formellement que Li-Meng Li a tort lorsqu'elle affirme la présence artificielle du site EcoRI dans le SARS-Cov2. Ce site se retrouvant aussi dans son cousin présumé le RaTG13 ainsi que le Pan-Cov-GD véhiculé par des trafiquants d'animaux. Li-Meng Yan affirme également que le RaTG13 et le Pan-Cov-GD seraient des virus fabriqués pour faire diversion par rapport au ZC45. Nous ne la suivons pas sur cette voie, mais il faut avouer que la gêne observée dans le milieu de la virologie et de microbiologie, en ce qui concerne les explications fournies au grand public, pourrait traduire le fait que cette proximité déroute entre ces trois virus.

Il peut paraître étrange de trouver le triplet WNS au lieu de WNT dans un fragment de 186 aa incluant le RBM (50 aa) de la protéine S (GenBank: BBJ35999.1), c'est-à-dire représentant 0,6% d'un coronavirus, déposé à GenBank en septembre 2019 par des chercheurs japonais (Murakami,S. and Horimoto,T.) sous le titre « Novel coronaviruses harbored by wild bats in Japan » (Nouveau coronavirus véhiculé par des chauve-souris sauvages au Japon). Le 5 novembre 2020 ils ont déposé à GenBank (code : BCG66627.1) la séquence complète (1235 aa) de la protéine S de ce coronavirus accompagnant un article intitulé : « Detection and characterization of bat sarbecovirus phylogenetically related to SARS-CoV-2, Japan. » (Detection et caractérisation d'un sarbecovirus de chauve-souris phylogénetiquement relié au SARS-CoV-2, Japan).  On a presque l'impression « complotiste » que ce fragment avait été déposé en septembre 2019 pour palier à toute éventualité ultérieure. Mais là encore, il ne faut pas s'égarer et ce n'est que le fruit du hasard car il n'est pas concevable que la présence du triplet WNS étant viable on ne puisse pas la retrouver effectivement dans des virus naturels même si elle est particulièrement rare. Il est probable que la présence du triplet WNS était une trouvaille de ce point vu et que l'équipe japonaise a déposé la séquence de ce RBM particulier à GenBank, en urgence, pour en garantir la primauté. En ce sens le virus japonais serait le contre-exemple qui confirme la règle...

Sur le plan du calcul des probabilités, Li-Meng Yan a donc tapé dans le mille avec le site EcoRI dont la présence n'est absolument pas conforme. Cette quasi absence d’occurrence du triplet WTS dans le RBM des coronavirus est d'ailleurs très étonnante car les mutations thréonine (T) contre sérine (S) sont généralement autorisées, ces deux acides aminés étant relativement proches sur le plan des interactions physico-chimiques impliquées. Cependant, à la différence de la sérine, la thréonine possède un groupement chimique méthyle qui pourrait expliquer sa spécificité quasi unique par la présence d'une interaction très particulière. Cependant, WNS est une configuration très viable comme le prouve SARS-Cov2. Cette rareté ne peut donc s'expliquer ni par la nécessité d'une double mutation de nucléotide ni par la perte fonctionnelle. Seule une étude fine de la structure du RBM pourrait en démontrer la raison.

Utilisation du site EcoRI introduit artificiellement par l'équipe Shi Zheng Li pour effectuer des substitution de RBM sur le virus du SARS-Cov.

Li-Meng Yan nous apprend par ailleurs que dès 2008 Shi Zheng Li et son équipe avaient introduit une mutation ponctuelle pour obtenir le site EcoRI de façon unique sur le gène S du SARS-Cov pour encadrer le RBM. L'article précise que site BamHI aurait été utilisé à l'autre extrémité sans préciser si il avait été introduit artificiellement. On ne le retrouve pas dans la séquence du SARS-Cov (BJ01-S). Le but était de pratiquer des manipulations d'échange du RBM. Il s'agissait dans leurs expériences de fixer le RBM de la protéine S du SARS-Cov (aa 424 à 494) sur un virus VIH pseudo-typé, exprimé dans un plasmide, et de procéder ensuite à des échanges de RBM avec des coronavirus de chauve-souris de type SL-Cov (SARS-Like coronavirus) pour en étudier la capacité à activer le récepteur de pénétration ACE2 humain (hACE2). Ce travail de Shi Zheng Li et son équipe a comme à l'habitude été publié dans Nature. Leur conclusion était que l'insertion d'une une région minimale (aa 310 à 518) recouvrant le RBM du SARS-Cov de 2002-2003 était suffisante pour induire la liaison au récepteur hACE2 à partir d'un coronavirus SL-Cov de chauve-souris incapable de le faire au départ. Cela était tout à fait remarquable.

En tout cas, il est tout à fait extraordinaire que les deux virus les plus proche du SARS-Cov2 que sont RaTG13 et Pan-Cov-GD partagent, en plus du site de restriction naturel conservé BsTEII à l'extrémité C-ter de leur RBM, le site EcoRI à l'autre extrémité N-ter le rendant échangeable facilement. Ces deux sites sont uniques sur toute la longueur du gène S et permettent donc la manipulation aisée du RBM en évitant la possibilité de plusieurs coupures sur ce gène, ce qui est une condition essentielle. Dans le cas du virus du pangolin, le site EcoRI se retrouve une autre fois dans le gène S mais peut être protégé spécifiquement par méthylation ce qui permet de n'utiliser que le site à l'extrémité du RBM. Le RBM du virus Pan-Cov-GD semble avoir été échangé par la nature avec celui du RaTG13 pour former le domaine S1 du gène S du SARS-Cov2. Le hasard fait bien les choses, dirons-nous, sauf que la nature n'a pas besoin de la présence de sites de restrictions pour recombiner les virus...

Nous pensons que Li-Meng Yan a tort de dire sans pouvoir le prouver formellement que le SARS-Cov2 est le fruit d'une manipulation à partir du virus ZC45. Cependant, elle a mis le doigt sur une chose très importante à propos de la présence conjointe des sites de restriction EcoRI et BsTEII aux deux extrémités du RBM du SARS-Cov2. Leur présence simultanée dans 3 virus choisis au hasard serait un événement statistiquement extrêmement rare.

Nous constatons donc que le SARS-Cov2 est relié indubitablement au RaTG13 (qui provient du laboratoire de Shi Zheng Li), mais également qu'il est relié au virus Pan-Cov-GD. Quelle surprise,  alors que nous avons longuement disserté dans ce chapitre et le chapitre 6 que son origine ne peut pas être le pangolin. D'ailleurs Li-Meng Yan l'affirme également avec force, dans son second rapport, en précisant qu'il est tout à fait impossible qu'un coronavirus supposé de Pan-Cov-GD puisse se retrouver avec le même RBM que le SARS-Cov2 (quasiment 100% d'identité) en sachant que sont récepteur ACE2 est éloigné de celui de l'homme (voir également chapitre 6, partie 4 et partie 5). D'autre part on n'a pas retrouvé de coronavirus dans les échantillons de pangolins malais prélevés entre 2009 et mars 2019.

Nous pouvons nous tromper et invitons donc les virologues de l'Institut Pasteur à nous répondre sur France Soir. Une tribune leur sera ouverte avec grand plaisir. Notons que sur le plan technique il y a exactement 210 nucléotides entre les 2 sites de restriction (compris dans le compte). On se trouve donc à l’extrême limite de ce qu'autorise la nucléosynthèse chimique. Au-delà le rendement de la réaction devient nul, sans compter les erreurs de synthèse d'environ 1 à 2%. Cet aspect technique explique la nécessité de sites de restriction rapprochés si l'on souhaite substituer le RBM avec des RBM de synthèses dont la séquence peut-être optimisée à volonté sur le plan conceptuel.

Un deuxième rapport qui est un brûlot contre la Chine

Le second rapport de Li-Meng Yan, intitulé : «Le SARS-Cov2 est une arme biologique totale couverte par une fraude scientifique de grande échelle » (SARS-CoV-2 Is an Unrestricted Bioweapon: A Truth Revealed through Uncovering a Large-Scale, Organized Scientific Fraud), a été publié le 8 octobre dans la foulée du premier rapport, toujours sur le site Zenodo. Elle est sans concession pour la Chine. Son article est ponctué d'un florilège de mots tels que : frauduleux, fabriqué, suspect, preuve génétique... à propos des virus RaTG13 et Pan-Cov GD supposés prouver l'origine naturelle du SARS-Cov2, ce qui permettrait d'effacer selon elle, par la même occasion, la proximité plus lointaine des virus jumeaux ZC45 et ZXC21. Nous ne pouvons pas la suivre dans ses conclusions sur la volonté de la Chine de répandre à dessein un virus pandémique létal sur le monde. Mais elle a le mérite et le courage de dire tout haut certaines vérités sur les incessantes manipulations GOF de virus à l'Institut de virologie de Wuhan et l'attitude irresponsable de la Chine en général dans ce domaine, doublée de la paralysie du monde occidental qui par peur refuse de demander des comptes à l'OMS et à la Chine.

En conclusion

Le SARS-Cov2 n'a pas pu évoluer à partir du RaTG13 ou d'un virus voisin du RaTG13 de façon naturelle. Les chiffres montrent de façon indéniable l'incohérence sur le plan de l'évolution naturelle entre deux virus dont les protéines S sont identiques à l'exception du RBM et du site de la furine. Les chiffres et les observations ne cadrent pas avec l'ensemble des connaissances sur les coronavirus de type SARS. Le site de la furine qui renforce considérablement le pouvoir de pénétration du virus apparaît comme un gain de fonction (naturel ou artificiel) car il est inutile pour le franchissement de la barrière inter-espèce et l'adaptation des coronavirus à SARS à d'autres hôtes que leur réservoir naturel. Le SARS-Cov2, le RatG13 et le Pan-Cov-GD sont indubitablement reliés entre eux par la présence commune unique sur le gène S des sites de restriction EcoRI et BsTEII permettant d'encadrer très précisément leur RBM. Évidemment, tous ces faits, ajoutés à l'impossibilité d'identifier un hôte intermédiaire, bien que difficilement niables ne constituent pas une preuve directe irréfutable. Mais leur accumulation mérite des explications réelles des virologues qui s'en sont montrés particulièrement avares en 2020.

La conviction et les affirmations de Li-Meng Yan sur l'implication des virus militaires ont servi de leurre, sûrement à son insu, pour détourner l'attention de l'Institut de Virologie de Wuhan. La logique de tous les faits que nous avons analysés en profondeur dans le  chapitres 6 et celui-ci pointent vers un ou plusieurs d'accidents de laboratoire à l'institut de virologie de Wuhan, suite à des recherches GOF sur des virus de chauves-souris collectés dans Yunnan. Les marchés aux animaux sauvages aurait joué également un rôle qu'il reste à élucider. De toute façon, que l'épidémie soit le résultat de l'activité autour des marchés ou d'un accident de laboratoire, la Chine doit une explication crédible au monde. L'hypothèse des élevages de visons est en train de surgir ces derniers jours, presque comme un cheveu sur la soupe, après un an de refus catégorique de la Chine à accepter des enquêtes de virologues sur son territoire, enquêtes qu'elle doit au reste du monde.

Les fermes d'élevage massif de gibier comme les chiens viverrins (5 millions d'animaux) et les élevages de visons sont dans le viseur actuellement de certain épidémiologistes. L'industrie du vison, représentant 3 000 fermes rassemblant 50 millions d'animaux, est un atout économique considérable de la Chine : « la colossale branche chinoise de cette industrie pèse plus de vingt milliards de dollars » selon l'excellent article de Reporterre paru le 8 janvier. Nous conseillons vivement au lecteur de France Soir de lire cet article. Il est inconcevable que des prélèvements n'aient pas été effectués systématiquement dans tous ces élevages dès janvier 2020 et que les coronavirus que l'on pourrait en extraire n'aient pas été séquencés et comparés au SARS-Cov2. Maintenant, il est trop tard car on trouvera peut-être des virus à  99.9% identique au SARS-Cov2 ou les anticorps correspondant mais, étant donné le laps de temps écoulé, cela ne voudra pas dire grand chose en terme d'origine de l'épidémie mis à part que l'épicentre est bel et bien Wuhan... Le monde est manipulé par la Chine qui a empêché et empêche toujours toute enquête sérieuse, qui dirige et contrôle toute recherche et publication scientifique conduite à ce sujet sur son territoire. Nous conseillons vivement au lecteur de France Soir de lire l'article de Reporterre sur cette désinformation orwellienne. L'article qui nous apprend également que l'Académie des sciences chinoise, le CDC chinois et bien sûr l'Institut de virologie de Wuhan sont très favorables à l'hypothèse des élevages de visons. Évidemment, l'acceptation internationale de cette théorie serait un moindre mal pour la Chine. Mais cela ne change en rien notre analyse et nos conclusions sur la circulation entre 2017 et 2019 de virus à SARS dans le milieu des vendeurs et trafiquant d'animaux, ni notre analyse sur la comparaison des virus SARS-Cov2, RaTG13 et Pan-Cov-GD et les questions qui en découlent.

Un audit exhaustif de cet institut qui recèle d'autres coronavirus proches du RaTG13 s'impose. Une mission d'une dizaine d'experts internationaux vient d'être dépêchée à Wuhan par l'OMS pour une période de 6 semaines dont 2 se passeront en quarantaine. Un an après le déclenchement de l'épidémie et sur une période si courte cela paraît tout à fait incongru et dans la ligne des manipulations auxquelles se livre la Chine par l'intermédiaire de l'OMS en matière de désinformation. Une mission de terrain, à la recherche des « réponses scientifiques au face-à-face entre l'homme et l'animal » résumait un haut fonctionnaire de l'OMS... peut-être vaudrait-il mieux investiguer le face-à-face entre les populations et les laboratoires de recherche. Mais nous leur souhaitons bonne chance. Un but subsidiaire de la mission est de déterminer les mesures à prendre pour que ce genre de pandémie ne se reproduise plus dans l'avenir. Les mêmes vœux pieux et garanties internationales avaient été formulées par les autorités chinoises après l'alerte mondiale crée par la première épidémie de SARS.

Rédaction achevée le 18 janvier 2020.

(Modification le 23/1 imminent a été remplacé par éminent, le 24/1 précision faite sur le calcul de probabilité dans la section « Au final, les chances d'avoir les 3 virus flanqués des sites EcoRI et BsTEII à leurs deux extrémités est  1 sur chance sur 2,22 millions modifié par 1 chance sur 5 milliards. »

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