Chronique N°88 – "La létalité des variants successifs n’a fait que baisser en France – Etude inédite"

CHRONIQUE — Les chefs d’États, leurs Premiers ministres et ministres de la Santé, « hyper-précautionnistes de principe [1] », constamment alarmistes tout au long de cette pandémie qui semble enfin toucher à sa fin, sélectionnant toujours les hypothèses les plus défavorables, s’autorisant ainsi à prendre les mesures les plus dures, absurdes et injustifiées, pour que l’on ne puisse pas les critiquer de ne pas en avoir fait assez, ont raté quelque chose : de la souche originelle de Wuhan, en passant par l’alphabet grec des variants qui lui ont succédé, les virus sont devenus de plus en plus gentils, tandis que les exécutifs demeuraient bêtes et méchants…

[1] Voir ma chronique N°80 (ici)

Quel meilleur indicateur pour estimer la dangerosité des virus que le taux de létalité ?

Il n’y a qu’à voir comment l’exécutif français, mais aussi les médecins infectiologues, PU-PH habitués des plateaux TV et des studios radiophoniques, ont vite acté le caractère très contagieux d’Omicron, mais se sont perdus en conjectures qui n’en finissaient plus pour apprécier sa dangerosité…

Personnellement, je ne suis pas préoccupé par les variants préoccupants, mais plutôt par le fait que je n’ai rien trouvé à propos du taux de létalité dans les « points épidémiologiques hebdomadaires nationaux » de Santé publique France. J’en ai en effet épluché 92, en remontant jusqu’à celui daté du 4 juin 2020. Je n’ai trouvé que trois numéros successifs qui abordait dans un court texte reproduit à l’identique « une létalité plus grande du variant brésilien, mais sans données, en répétant à chaque fois que des études étaient en cours »…

Le taux de létalité, est bien pourtant le BA-BA en épidémiologie des maladies infectieuses. Je tape dans Google « Cours d'infectiologie taux de létalité » et tombe sur ce cours en ligne (ici) sur le site infectiologie.com [2]. 976 pages quand même, édition de 2016, réalisé par le Collège des Universitaires de Maladies Infectieuses et Tropicales (CMIT)

[2] Sous l’égide de la SPILF (Société de pathologie infectieuse de langue française), du CMIT, du SNMInf (Syndicat national des médecins infectiologues), et du CNP-MIT (Conseil national professionnel maladies infectieuses et tropicales)

Dès la page 14, le tableau 2. « Les principaux termes courants en épidémiologie » définit ce qu’est le taux de létalité :

« Proportion de cas fatals liés à une maladie spécifique dans une population. Il s’agit d’un indicateur de gravité de la maladie. Il est calculé en divisant le nombre de décès causés par la maladie pendant une certaine période de temps par le nombre de patients affectés par la maladie durant cette même période ».

Cette notion élémentaire appliquée à la pandémie de la Covid-19 en France se calcule donc en divisant le nombre de décès attribués au Sars-Cov-2 (nombre de décès confirmés Covid-19) par le nombre de personnes infectées au sein d’une même population et pendant la même période.

Le graphique combiné ci-dessous retrace l’évolution comparée des décès et des nouveaux cas quotidiens confirmés Covid-19, en moyennes lissées sur les 7 derniers jours entre le 1er juin 2020 et le 16 février 2022.

Calculer le taux de létalité revient à diviser la valeur du point de la courbe rouge (échelle de droite) par celle de la courbe bleue (échelle de gauche)

Encore que ce soit un tout petit peu plus complexe ici. En effet, le délai entre un test positif au Covid-19 et l’apparition d’une forme sévère susceptible d’entrainer le décès étant d’au moins deux semaines, la formule que j’ai retenue est la suivante :

Nombre de décès observés à j / nombre de nouvelles contaminations à j-14

Pour mémoire, les données mises à disposition en Open data par Santé Publique France, sur sa plateforme GEODES (ici) ou sur data.gouv.fr, sont disponibles à partir des dates suivantes :

18/03/2020 pour les cumuls de décès depuis le 1ᵉʳ mars 2020 selon le sexe ou selon dix tranches d’âge
19/03/2020 pour les nombres quotidiens de décès confirmés Covid-19
25/03/2020 pour la moyenne des décès confirmés Covid-19 calculée sur les 7 derniers jours
13/05/2020 pour les nombres de nouveaux cas confirmés Covid-19 et pour les nombres de personnes testées
19/05/2020 pour les moyennes calculées sur les sept derniers jours de nouveaux cas et de tests réalisés

Pour des raisons de limites de puissance de calcul du tableur Excel, j’ai fait débuter les tracés de courbes au 1er juin 2020. Ce qui permet de suivre les évolutions jusqu’à la période actuelle sans perdre d’information importante, puisque la souche originelle de Wuhan est restée dominante en France jusqu’au 25 décembre 2020, qui a vu le premier cas de variant alpha (anglais) dans notre pays. Le 1er juin 2020, nous étions trois semaines après la levée le 11 mai 2020 du confinement total, instauré par Macron le 17 mars.

Voici une première courbe des taux de létalité quel que soit l’âge et le sexe :

D’un coup d’œil, nous passons de 9% de décès chez les personnes infectées par la Covid-19 le 8 juin 2020 à 0,09% le 16/02/2022. Soit une diminution par 100 de la létalité. Et encore, faute de données disponibles, en particulier faute d’un retard considérable à l’allumage des tests RT-PCR, nous ne connaitrons jamais les taux de létalité qui sévissaient pendant la période la plus dramatique de cette pandémie, ce pic notamment du 6 avril 2020 à 613 décès en une seule journée, en plein confinement Macron !

C’est ici qu’il devient intéressant de passer en échelle logarithmique.

Ce sont strictement les mêmes données. Simplement, nous retrouvons avec l’échelle logarithmique une linéarité avec des graduations multiples de dix (un dix-millième, un millième, un centième, un dixième et un). Les taux de létalité ne sont plus exprimés en pourcentages, mais en nombres réels arrondis à la dernière décimale. La courbe de tendance est aussi logarithmique et apparait comme une droite rectiligne qui montre bien que la dangerosité des variants a baissé constamment. La plus forte variation est à attribuer au variant Omicron, avec un décrochage quasi vertical du taux de létalité…

Les taux de létalité sont-ils différents entre les hommes et les femmes ?

L’homme et la femme ne sont pas égaux face à la virulence des variants du Sars-Cov-2.

Les courbes de létalité et leurs courbes de tendances sont parallèles. La courbe des hommes est plus haute que celle des femmes. Lesquelles sont donc plus résistantes face à la férocité du virus que ne le sont les hommes. Inversement, les hommes sont plus exposés au risque de décès avec/ou à cause de la Covid. Il est possible de mesurer précisément l’écart entre les deux courbes de tendance, celles-ci coupant opportunément les courbes de létalité en date du 24 août 2021, avec les valeurs de 0,0059 chez les hommes et de 0,0040 chez les femmes. Voir ci-dessous le zoom sur les courbes de tendances sécantes des courbes de létalité.

La réduction du risque relatif chez la femme est donc de 32%. Calcul : (0,0059-0,0040)/0,0059. Et donc le surrisque de décès chez les hommes est de 47,5%. Calcul : (0,0059-0,0040)/0,0040. Mais la réduction du risque relatif est trompeuse, que ce soit pour juger de l’efficacité d’un vaccin ou ici, pour estimer le risque de décès. Elle exagère fortement la représentation que l’on se fait du résultat.

Mieux vaut lui préférer la réduction du risque absolu. Elle se calcule ainsi : 0,0059-0,0040 = 0,0019.

La différence est donc finalement d’un peu moins de 2 décès pour 1 000 personnes infectées.

Tous les 526 hommes infectés, un homme de plus décédera, que chez les femmes et vice et versa (Calcul : l’inverse du risque absolu = 1/0,0019 = 526)

Le plus intéressant dans cette étude est de maintenant regarder ce qui se passe en fonction de l’âge.

Alors, voici quelque chose de très éclairant. Pouvoir comparer sur un indicateur aussi pertinent que le taux de mortalité, son évolution au gré des variants dans chacune des 10 tranches d’âges pour lesquelles les données ont été mises en open data par Santé Publique France, autorise un certain nombre d’observations à relever.

Bon, il y a vraisemblablement quelques artéfacts, dus à des retards de plusieurs jours dans la déclaration des décès par les hôpitaux ou les ESMS (établissements sociaux et médico-sociaux), qui conjugués à des variations parfois chaotiques des nouvelles contaminations, peuvent engendrer des pics ou des creux dissonants. Manifestement, c’est le cas pour le point bas à 5 décès pour 10 000 infectés du 21/12/2021 chez les 90 ans et plus (courbe rouge vif), ou encore le pic à 69% de décès, dans la même tranche d’âges le 11/06/2021. Mais globalement, le graphique montre bien quelque chose qui ressemble à des couches successives, tel un plissement de terrain, qui épouserait les différentes vagues de l’épidémie de manière progressive en descendant dans les tranches d’âge.

Toutefois, observons déjà que les taux de létalité les plus élevés concernent bien évidemment les plus âgés. Entre 23% et 29% pour les 90 ans et plus. Pour les 80-89 ans, nous n’avons qu’un seul point à 33% (courbe rouge carmin). Des chiffres abominables. Sauf à considérer, qu’il s’est agi de personnes infectées présentant un syndrome de détresse respiratoire aiguë à un stade « asphyxique » et qui ont été refusées à l’hôpital.

Certains ont même reçu un cocktail fatal associant de la morphine à une benzodiazépine injectable. Ce qui équivaut à la pratique d’une euthanasie active légalisée par la si mal nommée Société française d’accompagnement et de soins palliatifs et par un arrêté signé des mains d’Édouard Philippe et d’Olivier Véran en avril 2020, et sans cesse renouvelé. Probablement l’une des pires ignominies de la gestion à la française de cette pandémie ! Je m’engage d’ailleurs à réactualiser ces données sulfureuses dans une prochaine chronique (pour plus de détails, voir ma chronique N°73 ici), l’Assurance maladie ayant enfin libéré ce mois-ci les données mensuelles de remboursements des médicaments sur l’ensemble de l’année 2021. Je viens de les télécharger. Ici pour celles et ceux que cela peut intéresser…

Le grand écart entre ces 20-25% de décès chez les 90 ans et plus et les 2 décès par millions d’enfants âgés de 0 à 9 ans le 12 février 2022, est très frappant. Il démontre, s’il le fallait encore, que de très loin, le premier facteur de risque de décès lorsque l’on a contracté la Covid-19, c’est l’âge.

Les 90 ans et plus, de l’avant Omicron, seraient donc 125 000 fois plus à risque de décès que les 0-9 ans après avoir été infectés par ce dernier variant.

Une autre observation me semble capitale à ce stade. Observez la courbe rouge vif des 90 ans et plus. Elle est restée quasiment horizontale jusqu’à l’arrivée d’Omicron. Cette constatation vaut également pour les 80-89 ans, mais aussi, à un moindre degré pour les 70-79 ans (courbe orange) et les 60-69 ans (courbe violette). Ce n’est qu’à l’arrivée d’Omicron que les courbes plongent. Le point épidémiologique hebdomadaire national du 6 janvier (ici) nous apprend que la présence d’Omicron a bondi de 42% la semaine 51 (20 au 26 décembre 2021), à 74% la semaine 52 (27 décembre 2021 au 2 janvier 2022) selon les données du criblage. En d’autres termes, Omicron est devenu dominant la semaine du 31 décembre 2021. Le jour du réveillon de la nouvelle année, le taux de létalité chez les 90 ans et plus était encore de 24%. Le même jour, 77,2% de la population totale avait reçu une primovaccination complète et 48,4% des adultes avaient reçu une dose de rappel, dont 72,9% des 65 ans et plus.

L’horizontalité des courbes montre à l’évidence que la vaccination qui avait débuté fin décembre 2020, et qui était montée en puissance tout au long de l’année 2021, n’a pas produit d’effet sur les courbes de létalité, contrairement à l’arrivée salutaire d’Omicron…

Le site data.gouv.fr s’est enrichi il y a peu d’un « jeu » de données concernant spécifiquement les établissements sociaux et médico-sociaux (ici). Sont accessibles librement les nombres hebdomadaires de décès confirmés Covid-19, avec le détail de ceux survenus à l’hôpital, et de ceux survenus en établissements (EHPAD, handicap…). Un deuxième jeu de données présente les nouvelles contaminations hebdomadaires chez les résidents et chez les personnels.

Voici un premier graphique réalisé avec ces jeux de données spécifiques au ESMS :

Au total sur cette période allant de la semaine 30 de 2020 (20 au 26 juillet), à la semaine 7 de 2022 (14 au 20 février 2022), près de 30 000 décès confirmés Covid-19 de résidents ont été observés, dont deux tiers de décès survenus en établissements et un tiers dans les hôpitaux.

Même remarque que pour la population totale française, le taux de létalité se calcule en divisant les nombres hebdomadaires de décès confirmés Covid-19 (courbe rouge vif, échelle de droite) par les nouvelles contaminations hebdomadaires observées deux semaines auparavant, afin de tenir compte du délai entre le test positif et l’apparition d’une forme sévère susceptible d’entrainer un décès.

Voici le graphique retraçant le taux de létalité dans les établissements sociaux et médico-sociaux :

Encore un grand écart entre un taux de létalité épouvantable de 42,7% la semaine 33 de 2020 (du 10 au 16 août) et le 1,2% de la semaine 7 de 2022 (14 au 20 février). Nous retrouvons une forêt de pics de létalité entre 15% et 30%, et jusqu’au 19% de la semaine 45 de 2021 (8 au 14 novembre) alors que juste avant l’arrivée d’Omicron, le variant Delta dominait toujours à 99%.

Il est également intéressant ici de repasser en échelle logarithmique.

Ici encore, nous observons huit pics de létalité compris entre 0,28 (souche originelle de Wuhan encore dominante) et 0,19 (variant Delta > 99%) se maintenant pratiquement au même niveau. Puis vint Omicron et la vertigineuse dégringolade des taux de létalité passant de 0,19 à 0,01. Bref, avec Omicron, la létalité a été divisée par environ 20 dans les EHPADs et autres établissements sociaux et médico-sociaux, par rapport à ce qu’elle était avec le variant Delta.

Il est troublant de constater que les courbes de nouvelles contaminations hebdomadaires chez les résidents (courbe rouge vif et échelle de droite) et le personnel (courbe marron et échelle de gauche) sont parallèles et qu’environ deux fois plus de résidents que de personnels ont été infectés. Au total, très précisément, 281 285 nouvelles contaminations chez les résidents et 162 521 chez les personnels auront été enregistrées sur la période. Graphique ci-dessous :

Il est donc patent que des résidents ont contaminé des soignants et réciproquement. Un signe indirect de la défaillance des masques et de la vaccination !

Discussion et limites de cette étude :

Mon travail de recherche est limité par la qualité (fiabilité) des données produites par les différents acteurs sous la coordination de Santé Publique France.

Deux variables seulement participent au calcul du taux de létalité :

- Les décès confirmés Covid-19 sont bien évidemment largement surestimés. Les personnes décédées ne sont pas mortes majoritairement à cause du Covid, mais avec le Covid (une personne porteuse du virus, testée PCR positive à un moment quelconque était systématiquement étiquetée « Covid confirmé »). Par conséquent, les taux réels de létalité sont nécessairement bien moindre que ceux que j’ai calculé, exagérés par de nombreux surdiagnostics de décès attribués un peu hâtivement au Covid. Rappelons-nous que lors de la première vague, les hôpitaux ne pratiquaient plus d’autopsie…

Il est évidemment parfaitement licite d’attribuer au virus l’origine d’un décès constaté chez une personne admise en réanimation pour syndrome de détresse respiratoire aigüe, confirmée Covid-19, intubée puis placée sous ventilation mécanique. Encore que cette technique de réanimation comporte elle-même ses propres risques nosocomiaux (complication infectieuse bactérienne…). Mais Santé Publique France a soigneusement caché les files actives de ce type de patients. Une seule étude à ma connaissance, menée par l’AP-HP (ici) a observé une mortalité de 31% à 90 jours chez plus de 4.000 patients hospitalisés en réanimation lors de la 1ʳᵉ vague.

- Lors de la période Omicron, la transmissibilité considérable du variant a pu aussi diffuser dans les hôpitaux et s’échanger entre de nombreux patients déjà hospitalisés pour d’autres raisons, et d’autres contaminations véhiculées par les personnels hospitaliers. Parmi ces patients testés positifs, ceux qui sont décédés ont pu gonfler mécaniquement les taux de létalité.

- Un seul bémol, les séries téléchargeables de données sur les décès confirmés Covid-19 fournies par SPF, émanent des télédéclarations de décès faites par les hôpitaux et les ESMS. Mais nous n’avons pas le décompte des décès à domicile.

- Au dénominateur du taux de létalité, nous avons le nombre de nouvelles contaminations qui, au contraire, sont très sous-estimées, puisque depuis le début de la pandémie la stratégie a été de tester uniquement que les symptomatiques. Que par ailleurs, les tests ont eu un sérieux retard à l’allumage, comme nous allons pouvoir le constater avec le graphique suivant.

Qui ne se mesure pas ne peut s’améliorer. Les 3 premiers cas en France ont été confirmés Covid-19 le 24 janvier 2020. Il aura fallu attendre le 13 mai 2020 pour commencer à disposer des nombres quotidiens de nouvelles contaminations. Le 1^er juin 2020, à peine plus de 33 000 personnes étaient testées. Soit un échantillonnage de 5 Français sur 10 000. Si l’on regarde les pics de tests réalisés, le 15 septembre 2020, l’échantillonnage est de 3 pour 1 000, le 3 novembre 2020, 5 pour 1 000, le 24 décembre 2020 et le 24 avril 2021, on monte à 8 pour 1 000, le 19 août 2021 avec la mise en place du passe sanitaire, on grimpe un peu plus haut à 1,2% de la population française testée sur 24 h. Enfin le 10 janvier 2022 en pleine vague Omicron, on testera 2,4% des Françaises et des Français le même jour. Ce sont les pics, mais il faut regarder aussi les creux. Les 7 octobre et 6 décembre 2020 l’échantillonnage est sous les 3 pour 1 000. Nous ne dépassons pas 4 pour 1 000 les 8 mars, 28 avril, 29 juin et 1er novembre 2021 et le 15 février 2022, nous avons testé 6 de nos compatriotes sur 1 000. Nous sommes donc extrêmement loin d’avoir testé toute la population française.

Les taux réels de létalité si l’on avait pu tester la totalité des Françaises et des Français seraient bien plus rassurants encore que ce que j’ai calculé pour cette chronique.

Bref, pour conclure, les taux de létalité très surestimés que j’ai calculés, et présentés dans cette chronique pour la période « Omicron » avec moins d’un décès pour mille personnes infectées en population générale (tous âges et sexes), de moins de 3% chez les 90 ans et plus, de 2% chez les 80-89 ans, de 6 pour 1 000 chez les 70-79 ans, doivent rassurer l’exécutif sur le caractère très bénin de ce variant. Un simple et banal coronavirus, comme ceux qui dans la vie d’avant ne donnait qu’un rhume.

Faut-il un vaccin contre un rhume bénin ? Non !

Dans la même veine, que dire des 2 décès par millions d’enfants âgés de 0 à 9 ans. Justifiaient-ils d’une vaccination ?

Mais le 25 février 2022, l’obstiné ministre Véran faisait encore diffuser sur France Info un spot débile et ridicule d’incitation à la vaccination des 5-11 ans… (Voir ma chronique N°83 dédiée à cette vaccination à la balance bénéfice risque négative : ici)

A réécouter (ici).

Voix féminine et un piano en fond sonore : « Les enfants âgés de 5 à 11 ans peuvent se faire vacciner contre le Covid-19 pour se protéger et protéger les autres. Les enfants peuvent se faire vacciner en centre de vaccination ou chez un médecin, un pédiatre, un pharmacien, un infirmier ou une sage-femme. N’attendez pas pour vous renseigner. Vous pouvez prendre un rendez-vous chez un professionnel de santé près de chez vous ou sur www.sante.fr. Tous vaccinés, tous protégés [3]. Ceci est un message du ministère des solidarité et de la santé ».

[3] Depuis l’admirable étude anglaise, ce serait plutôt « Tous vaccinés, tous aussi transmetteurs du virus que les non-vaccinés ! »

Le ministre têtu et très mal informé, avait auparavant le 2 février réitéré sur Twitter son appel du 28 janvier (ici) en enregistrant une nouvelle vidéo de 45 secondes (ici) pour battre encore et encore le rappel (troisième dose) avant le 15 février.

Véran, la mine catastrophée [4] : « Il y a encore 7 millions de Français qui n’ont pas eu leur rappel et pour un grand nombre d’entre eux, n’ont pas eu le Covid dans l’intervalle et qu’au 15 février, ils perdront le bénéfice de leur passe. Pourquoi je dis ça ? C’est pas comme les impôts où on va mettre, où avant le prélèvement à la source, on allait mettre sa feuille dans la boite aux lettres à minuit, le dernier jour. Euh, c’est pas le 14 février qu’on doit réaliser qu’il faut se faire vacciner dès le lendemain. Nous on fait le job avec les centres de vaccination, les pharmaciens, les médecins, les infirmiers, les kinés, les dentistes. Je ne les cite pas tous, mais, ils ne m’en voudront pas, qui vaccinent, pour faire en sorte que dans les dix jours qui viennent, ou les dix jours qui précèdent le 15 février, on soit à bloc pour vacciner tous ceux qui viendront. Il y a beaucoup, il y a des millions de créneaux disponibles, mais je le dis, si les gens se réveillent le 14 février, jour de la Saint-Valentin, en se disant, tiens il faut que je fasse mon rappel ce soir, ce sera compliqué de vacciner tout le monde le même soir ».

[4] Le bougre est très comédien. Il n’a toujours pas compris que le vaccin est sans effet sur Omicron… Et quand bien même nous disposerions déjà d’un vaccin spécifique à Omicron (prenant en compte la trentaine de mutations sur la protéine Spike), tel que se préparent à le commercialiser Pfizer et Moderna, qui à l’occasion se tirent la bourre, il n’aurait aucun intérêt. Pas besoin d’un vaccin pour affronter un rhume banal !

Peut-être qu’un conseiller de son cabinet pourrait lui expliquer. Pathétique.