L'IA et les réseaux sociaux révolutionnent la révision par les pairs

La pandémie de coronavirus a fait découvrir au grand public le système de révision par les pairs des articles scientifiques, qui est en théorie un gage de qualité, mais qui peut aussi être une source de malentendus, qui rendent la vulgarisation scientifique parfois difficile. Ce système utilisé bien avant l’apparition de l’informatique connaît une évolution importante depuis l’apparition d’Internet, qui a connu une accélération brutale avec le COVID-19, en raison du besoin urgent de résultats scientifiques immédiats. La communauté scientifique explore aujourd’hui des méthodes de révision des articles par les pairs, basées sur les nouvelles technologies.

Des algorithmes pour matcher articles scientifiques et réviseurs

L’éditeur scientifique open-access Frontiers a développé un outil d'intelligence artificielle (IA) pour aider les bailleurs de fonds, qui financent les études, à identifier les bons spécialistes, pour leur proposer de réviser leur publication. Les experts sont liés aux articles en fonction des mots clés ou de l’analyse sémantique approfondie de leurs publications.
Ceci permet d’accélérer le processus de révision en cas de situation urgente, comme celle liée au COVID-19. Dans des circonstances normales, le processus d'examen du financement de la recherche a généralement lieu en comité de lecture et peut prendre plusieurs mois. Cependant, depuis l'épidémie de COVID-19, les experts sont moins disponibles et l'urgence exige des délais les plus courts possibles. Frontiers a donc mis cet outil en place pour faire face au peu de temps disponible pour évaluer les propositions.

Une infrastructure de recherche plus ouverte

Heather Joseph, directrice exécutive de la Scholarly Publishing and Academic Resources Coalition, une organisation de bibliothèques universitaires qui fait de gros efforts pour une infrastructure de recherche plus ouverte, voit dans la pandémie une opportunité pour ouvrir la recherche de manière plus pérenne. Ijad Madisch, un virologue allemand, fondateur et directeur général de ResearchGate, un réseau social pour les chercheurs qui a vu une augmentation d'activité et de collaboration autour de Covid-19, considère qu’une publication restreinte des articles rejetés en raison de leur aspects “sensibles” ou polémiques pourrait être une alternative à la censure, réelle ou supposée.
lbert-László Barabási, par exemple, un éminent scientifique du réseau à la Northeastern University de Boston, a écrit  un article sur un «réseau de médicaments pour identifier les opportunités de réutilisation de médicaments» qui a été rejeté par la revue scientifique BioRxiv. Il l'a finalement publié sur la plateforme ArXiv à la place, mais s'est demandé sur Twitter s'il ne serait pas plus logique pour BioRxiv de créer une liste réservée aux scientifiques pour les recherches Covid-19 potentiellement sensibles. Madisch propose une configuration «où la communauté de la recherche pourrait donner son avis avant sa publication au public».

Comment la pandémie a transféré la révision par les pairs sur Twitter

Aux Etats Unis, l’exemple est clair avec le cas d’un article de la revue MedRxiv le plus débattu jusqu'à présent, «COVID-19 Séroprévalence des anticorps dans le comté de Santa Clara, Californie». Le journal a rendu compte des résultats des tests de dépistage des anticorps anti-coronavirus chez 3300 résidents du comté recrutés par des publicités Facebook, dont 1,5% étaient positifs. Les auteurs ont ensuite effectué un certain nombre d'ajustements statistiques qui ont augmenté leur estimation du pourcentage de résidents du comté, qui avaient été infectés par le coronavirus, de 2,49% à 4,16%, ce qui représentait 50 à 80 fois le nombre de cas confirmés à l'époque et impliquait un Taux de mortalité de Covid-19 de seulement 0,12 à 0,2% - pas très différent des taux habituellement déclarés pour la grippe saisonnière (bien que le rapport réel des décès par grippe aux infections soit probablement plus faible).

Certains experts en maladies infectieuses, comme le scientifique devenu influenceur  pendant la pandemie, Trevor Bedford,  se sont tournés vers Twitter pour formuler des critiques sceptiques. Ils ont dénoncé l’article comme un “faux” et demandaient des excuses de la part des auteurs. Aucune excuse de ce type n'a été présentée, mais les auteurs ont remplacé le document sur MedRxiv par une version révisée qui a changé leur estimation du pourcentage de résidents du comté infectés par le virus par une fourchette de 1,3% à 4,7%. Ils ont également exprimé leur appréciation pour les nombreuses critiques que le document avait reçues, concluant que: “Nous pensons que notre expérience offre un excellent exemple sur la façon dont les pré-publications peuvent être un bon moyen de fournir un crowdsourcing massif de commentaires utiles et de commentaires constructifs par la communauté scientifique au sens large dans en temps réel pour les problèmes importants et opportuns.”

Le crowdsourcing de commentaires peut faire du bien à la science

D’autres scientifiques ne sont pas si sûrs que la discussion brutale - et publique - autour d’un document soit si positive. Dans un article d'opinion pour le site d'actualités scientifiques Stat, deux professeurs considèrent que les scientifiques ne doivent pas prendre les commentaires au sérieux. 
Mais, un examen par les pairs plus formel est-il vraiment plus qualitatif? «Pour moi, il ne fait aucun doute que plus de regards sur quelque chose signifient qu’en fin de compte un meilleur jugement peut-être porté», explique Sever de MedRxiv, un biologiste moléculaire avec une longue expérience dans la rédaction de revues scientifiques.

Enfin, une startup française propose une initiative intéressante, un outil visuel permettant aux chercheurs de trouver et d'explorer des publications scientifiques plus facilement que sur les plateformes existantes, Connected Papers.  Le Coronavirus n'aura pas seulement mis la lumière sur le monde de la recherche, mais sera aussi témoin des initiatives et outils numériques pour dynamiser la recherche et la rendre plus accessible.