Histoire du COVID-19 – chapitre 8 - Partie 4 : Questions ouvertes à l'Institut Pasteur

Questions ouvertes à l'Institut Pasteur suite. partie 3 

 Augmentation du pouvoir pénétrant des coronavirus par insertion artificielle du site de clivage de la furine - une thèse soutenue à l'Institut Pasteur de Lille.

Ce que savaient les virologues de l'Institut Pasteur dès 2018 et que ne pouvaient ignorer les virologues français.

La plupart des coronavirus dépendent des protéases cellulaires pour leur entrée. La furine fait partie d'une classe de protéines appelée protéases à sérine qui sont naturellement présentes chez tous les mammifères. Elle intervient pour finaliser la synthèse d'autres  protéines. Elle leurs confère leur structure finale fonctionnelle en les clivant à un ou plusieurs endroits spécifiques déterminés par une séquence particulière d'acides aminés (Arg/Lys )-Xaa-(Arg/Lys )-Arg-|-. appelé site canonique de clivage de la furine. Les virus au cours de leur évolution ont appris à tirer parti de cette protéine ubiquitaire exprimée dans la majorité des cellules des organes de mammifères incluant l'homme. Les drosophiles expriment également la furine ce qui explique probablement leur contamination par certains coronavirus de volailles. 

Dans son premier rapport Li-Meng Yan attire également, comme quelques autres chercheurs dont Alexandra Henrion-Caude, l'attention sur la présence d'un site de clivage enzymatique très particulier situé entre les domaines S1 et S2 du gène S. Cette petite séquence de nucléotides, que l'évolution semble avoir inséré à cet endroit très précis du génome du SARS-Cov2, se traduit par une séquence d'acides aminés qui permet à la furine de cliver la glycoprotéine S intégrée au virion en séparant ses deux domaines S1 et S2. Ce processus a lieu au niveau intracellulaire dans l'appareil de Golgi, enrichi en furine, où le virus a pénétré par endocytose (de façon encapsulée par la membrane cellulaire) sans pour autant pouvoir encore libérer son matériel génétique dans le cytoplasme.

La fusion du virus avec la double couche lipidique qui forme la membrane des cellules est assurée par la libération du peptide de fusion après double clivage protéolytique par la furine (qui est une protéine trans-membranaire). En effet, il y a un autre site de clivage de la furine plus loin dans le domaine S2 qui permet une autre coupure S2' qui libère entièrement le peptide de fusion. « Ces peptides sont capables de s’insérer de manière oblique dans la membrane sous forme hélicoïdale. Cette orientation induirait la déstabilisation lipidique, favorisant la fusion membranaire. » (Aurélien Lorin et al. 2007)

Ce second site de la furine est présent chez beaucoup de coronavirus (le SARS-Cov, le RaTG13, le Pan-Cov GD, les ZC45 et ZXC21, …). Le clivage protéolytique S1/S2 peut être assuré par d'autres protéases que la furine mais de façon plus ou moins efficace et tributaire de leur expression différentiée. La présence du site de la furine, une protéine ubiquitaire, rend ce processus beaucoup plus efficace avec la pénétration multiple d'organes. De toute évidence l'insertion par la nature du site de la furine entre les domaines S1 et S2 du gène S du SARS-Cov2 est un gain de fonction pathogène dramatique. 

Dans un très sérieux article de la Clinique Mutualiste d'Ambérieu, il est fait référence à l'article de recherche déposé sur le site bioRxiv par des chercheurs de l'Imperial College de Londres, du King's College de Londres et de l'Université de Bristol au Royaume-Uni. Ces travaux montrent que le site de clivage de la furine sur la glycoprotéine de pointe du SRAS-CoV-2 représente un déterminant clé de la transmission chez les humains, car il facilite considérablement sa réplication dans les cellules des voies respiratoires. Nous remercions la Clinique Mutualiste Ambérieu pour ce solide article. Mais était-ce là une véritable découverte ? Nous allons voir que non et qu'une fois de plus nous avons été désinformés. L'équipe rédactionnelle de la Clinique Mutualiste d'Ambérieu n'était visiblement pas au courant des dernières avancées de l'Institut Pasteur dans ce domaine et des connaissances générales sur la furine.

Il faut se rendre compte que l'ensemble des connaissances à propos du mécanisme de pénétration cellulaire des coronavirus à SARS remonte à quelques années à peine. Ariane Bonnin dans sa thèse de doctorat défendue à l'Institut Pasteur de Lille, le 13 juillet 2018, en décrit l'historique (1.4.3.2 Clivage de la protéine S, pages 52 à 56). Elle écrit en autre : « La présence d’un site de clivage par la furine en S2’ pourrait expliquer l’infection extra-pulmonaire observée chez les patients atteints par le MERS-CoV puisque la furine est une protéase ubiquitaire (Burkard et al., 2014; Millet and Whittaker, 2014; Millet et al., 2016). »

Soulignons que ce mécanisme d'entrée cellulaire via l'activité protéolytique de la furine est la caractéristique d'une panoplie de virus extrêmement pathogènes ou létaux comme le VIH, les virus de la grippe A et de la dengue, le virus du papillome humain ou les virus Ebola et Marburg, ainsi que le bacille de l'anthrax. Dans le cas du VIH,  avant d’être ancrée à la surface, la glycoprotéine gp160 est clivée par la furine en deux sous-unités associées par des liaisons non-covalentes (gp120 à la surface et la gp41 trans-membranaire).

Nous qualifierons la thèse d'Ariane Bonnin, sous la direction de la virologue Anne Goffard, de « prémonitoire ». En effet, elle décrit ses travaux sur la protéine S du coronavirus humain hCoV-229E qu'elle a manipulé pour y introduire le site de clivage de la furine à un endroit particulier exactement équivalent à celui dans le SARS-Cov2. Le virus hCoV-229E est l'agent causal de syndromes grippaux saisonniers communs. Mais il peut conduire aussi à des complications respiratoires sévères chez les personnes âgées ou présentant des maladies sous-jacentes. Il avait été montré en 2017 que le HCoV-229E utilisait préférentiellement la protéase trans-membranaire serine 2 (TMPRSS2), une protéase du type trypsine, pour activer sa protéine S et pénétrer dans les cellules. 

Elle conclue la section « Objectifs » de sa thèse en décrivant  la finalité de sa recherche comme : « Ces résultats participeront à une meilleure connaissance du coronavirus respiratoire humain 229E, dans le but de développer des moyens de lutter contre les coronavirus. » 

Selon ce principe, on procède aux manipulations génétiques les plus folles sur les coronavirus depuis presque 20 ans. Nous avons bien compris qu'il s'agit d'acquisition de connaissance globale, mais il serait grandement préférable que cet énoncé soit plus souvent accompagné d'explications plus directes sur comment les conclusions tirées de telles études permettraient d'améliorer la conceptualisation des traitements ou la prévention de la maladie ou des épidémies. Mais de ce côté on reste toujours sur sa faim.

En comparant le virus hCoV-229E avec le virus du MERS, qui contient le site de la furine entre S1 et S2, Ariane Bonnin a conçu une expérience générant des quasi virions (pseudo particules virales) hybridant le virus de la leucémie murine (MLV) avec la protéine S du hCoV-229E. L'ADNc de ce rétrovirus MLV dit « pseudo-typé » a été inséré dans un plasmide et introduit par transfection dans la lignée de cellules embryonnaires rénales humaines HEK293T pour produire les pseudo-particules virales. Ces pseudo-virions ont été testés ensuite sur le système de culture de cellules humaines Huh-7.

Dans le texte décrivant son protocole opératoire, elle mentionne que seules la protéine capside et la polymérase du virus MLV ont été gardées dans le clone du virus MLV pseudotypé avec la protéine S. Cela veut dire que la protéine enveloppe E du MLV n'a pas été gardée. En fait, on ne sait pas bien ce que la perte de la protéine E implique sur ces pseudo-particules mais l'ajout de la protéine S les rend indubitablement capables d'infecter les cellules humaines. Que ce serait-il passé si Ariane Bonnin s'était faite une coupure à un doigt en cassant une boîte de pétri contenant la culture virale ? Nous citons beaucoup Ariane Bonnin mais il va sans dire que la responsabilité des recherches conduites revient entièrement à Anne Goffard, sa directrice de thèse, et également au comité de thèse qui l'ont avalisée. Même si Anne Goffard s'en défendra, nous sommes quand-même un peu là dans le domaine du gain de fonction (GOF) car le virus de la leucémie murine a été transformé en quelque chose d'autre capable d'infecter et de se reproduire dans les  cellules humaines, sans parler des implications possibles dans les recherches GOF en générale sur les coronavirus. Mais nous ne sommes pas des virologues professionnels et pouvons nous tromper. Nous l'invitons donc à répondre librement dans France Soir.

Ariane Bonnin écrit : « Dans un premier temps, pour confirmer le rôle de la région S2’ de la protéine S lors de l’entrée, nous avons inséré un site de clivage par la furine (Fur687) dans la protéine S, à la position N-terminale du peptide de fusion. », et continue plus loin : « Nous avons montré que la protéine S contenant un site de clivage par la furine ne dépend pas des cathepsines endosomales lors de l’entrée [NDA. Il s'agit de protéases assurant normalement la protéolyse de la protéine S entre les domaines S1 et S2 chez le virus hCoV-229E], mais nécessite la furine. Ce résultat confirme l’implication de la région S2’ lors de l’activation de la fusion du HCoV-229E, comme observé pour les autres coronavirus (Burkard et al., 2014). »

En clair, cela voulait dire que l'introduction du site à l'endroit choisi de la furine abrogeait l'action des autres protéases classiques mais garantissait la pénétration par clivage de la furine par la voie endosomale, avec fusion précoce, rendant ainsi le virus probablement plus pathogène.

On peut dire que ces résultats constituent le point d'orgue de la thèse d'Ariane Bonnin publiés en juillet 2018 dans le Journal of General Virology sous le titre anodin « HCoV-229E spike protein fusion activation by trypsin-like serine proteases is mediated by proteolytic processing in the S2' region » (Activation de la fusion de la protéine de pointe par des protéases de type trypsine est assurée par le clivage protéolytique du sitre S2'). Ils sont noyées dans le corps de l'article. L'insertion de la furine en S2 n'est mentionnée ni dans l'abstract ni dans la conclusion. Il faut être un spécialiste pour en comprendre la portée. 

Finalement, les tenants de ce genre de recherches comme Shi Zheng Li, Anne Goffard et bien autres virologues et microbiologistes sont bien obligés de reconnaître qu'elles ne permettent ni d'anticiper ni de prévenir les épidémies et les pandémies à venir.  L'exemple du SARS-Cov2 en est la démonstration parfaite. Le contrôle effectif des marchés aux animaux sauvages et des laboratoires de recherches eut été plus productif.

La recherche fondamentale est absolument nécessaire à la compréhension des mécanismes d'infection des virus potentiellement dangereux, cela est indéniable, mais pas à n'importe quel prix. Par exemple, dans la recherche dirigée par Anne Goffard, l'introduction du site de la furine n'était pas nécessaire pour en conclure que la fusion de la protéine S du HCoV-229E sur la membrane cellulaire était activée par les protéases à sérine du type trypsine agissant sur le site S2', après un premier clivage sur le site S1/S2. Il n'était pas nécessaire non plus d'introduire le site de la furine pour se douter fortement qu'il pourrait se produire la même chose qu'avec la protéase TMPRSS2 sur le virus ne portant pas l'insertion du site de la furine au niveau du résidu R683. En effet Ariane Bonnin écrit : « Nos résultats montrent que TMPRSS2 est capable d’activer la fusion de HCoV-229E en clivant la protéine de façon similaire à la trypsine au niveau de R683 [NDA, i.e. à l'intersection S1/S2], entraînant une entrée plus précoce des 229Epp mais aussi plus efficace. »

Mais la tentation était trop grande de vérifier par l'expérimentation ce qu'on pouvait  déduire logiquement, puisqu'on savait déjà que le mécanisme par la furine impliquait une pénétration endosomale par clivage précoce. Trop souvent, les expériences GOF ne font qu'enfoncer des portes déjà ouvertes sur la connaissance des mécanismes impliqués, mais la fascination est trop forte et trop de chercheurs cèdent à la facilité. Peut-être que sans les empêcher, ce qui les rendraient encore plus secrètes, toutes les expériences de ce type devraient être soumises à déclaration officielle, enregistrée sur un site consultable ouvert au public comme une bibliothèque. Cela non pour restreindre la recherche sur les virus ni empêcher les accidents éventuels, ce qui serait une vue de l'esprit, mais prévenir l'omerta qui en découle forcément et pouvoir ainsi responsabiliser les chercheurs qui opèrent en milieu universitaires ou dans des instituts privés.

Au final, beaucoup d'experts virologues ne pouvaient pas ignorer que l'Institut Pasteur de Lille avait démontré dès 2018 que l'insertion du site de la furine dans la région du résidu 680 à la jonction S1 et S2, en amont du peptide de fusion du domaine S2, entraînait une augmentation du pouvoir pénétrant des coronavirus, abrogeant la nécessité pour ces virus d'utiliser d'autres protéases plus spécifiques comme la trypsine (SARS-Cov) ou la TMPRSS2. L'utilisation de la furine comme enzyme protéolytique d'activation permet au virus SARS-Cov2 d'infecter de multiples organes chez son hôte humain. On comprend que les virologues français sont peu enclins à communiquer au public les résultats de cette expérience et ce qu'ils savent d'autres étant donné que, 18 mois après leur publication, un coronavirus à SARS ravageait la planète en présentant la particularité de posséder l'insertion de 4 acide aminés (et non des simples mutations ponctuelles) correspondant au site de clivage de la furine. Et cela à l'endroit équivalent exact qu'Ariane Bonnin et Anne Goffard avaient déterminé pour l'introduire et le tester sur un autre coronavirus humain. Cela alimenterait toutes sortes de thèses complotistes mais surtout accréditerait l'hypothèse d'une fuite de laboratoire et, potentiellement, discréditerait tous nos apprentis sorciers aux yeux du public. L'omerta règne donc.

En attirant l'attention sur un brevet industriel américain (US7223 390 B2) portant sur l'insertion artificielle du site de la furine, mais sans en mentionner la finalité de fabriquer des virus vaccinaux inactivés, Alexandra Henrion-Caude a probablement voulu alerter sur ce qui aurait pu se passer ailleurs qu'en France. L'ironie veut que ce brevet porte sur l'inactivation des glycoprotéines responsables de la pénétration des virus, comme la protéine S des coronavirus, par l'insertion du site de la furine. En effet, placer à un endroit exposé mais autre que l'endroit très précis de la jonction S1-S2, avant le peptide de fusion, ce site pouvait engendrer le clivage délétère de la protéine S et l'inactivation du virus comme le démontre le brevet auquel  Alexandra Henrion fait référence. Mais parler du brevet lui permettait d'affirmer indirectement la réalité de la possibilité d'insérer facilement le site de clivage de la furine.

Nous supposons, que de cette façon elle évitait de s'exposer directement aux foudres de ses pairs virologues de l'Institut Pasteur et du pouvoir qui, depuis le début de l'épidémie, désinforment copieusement le public. Il est certain que si elle avait dit toute la vérité elle aurait eu des ennuis du type de ceux que rencontre le professeur Perronne (démis par la direction de l'APHP de son poste de direction du service des maladies infectieuses de l'hôpital Raymond-Poincaré de Garches) et d'autres plus anonymes. D'ailleurs, une interview d'elle sur TV liberté a été censurée il y quelques jours. En fait, il fallait s'intéresser de très près à la question du site de la furine pour déterrer la thèse d'Ariane Bonnin, pourtant en libre accès sur l'internet, et la lire. Parfois les  secrets les mieux gardés sont ceux exposés de façon anodine aux yeux et vus de tous. ll suffit d'omettre d'en parler. « Nous sommes en guerre ». Oui peut-être, pas contre le virus mais contre l'absence totale d'information. Il y a péril anti-démocratique avéré dans la maison France. 

On peut estimer les chances d'avoir un tel virus avec le site de la furine en plus naturellement.

On peut étendre le calcul de probabilité effectué dans la partie précédente sur la présence simultanée des sites EcoRI et BsTEII aux extrémités des trois virus SARS-Cov2, RaTG13 et Pan-Cov-GD. On ne peut établir de statistique à partir des 68 autres betacoronavirus de la branche évolutive 2b à laquelle appartient le SARS-Cov2 car aucun ne possède le site de la furine à l'intersection S1/S2. Mais si l'on considère le SARS-Cov2 comme naturel alors les chances peuvent s'établir 1 chance sur 53 milliards (2,3 10^9 x 69/3) pour que l'un de ces trois virus au hasard aient le site de la furine à cette position en plus des sites EcoRI et BsTEII encadrant leur RBM. Si l'on prend, comme autre base de calcul la probabilité de fréquence du site de la furine en position S1/S2 chez les coronavirus humains, c'est-à-dire 3 chances sur 6, alors la probabilité reste de 1 chance sur 2,3 milliards. Dans les 2 cas, le calcul de probabilité laisse peu de place au doute sur l'origine « très peu naturelle » du SARS-Cov2.

Statistiquement, cet ensemble de caractéristiques partagées sur 3 betacoronavirus ne se représentera plus jamais. La probabilité qu'une seule séquence prise au hasard d'un betacoronavirus de la branche 2b ait les 2 sites de restriction encadrant le RBM plus celui de la furine à la position S1/S2 serait déjà extrêmement rare. Elle serait de 1 chance sur 114 264 (1/3 x 1/69 x 1/8 x 1/69) en l'absence de la conjonction de propriétés partagées avec le RaTG13 et le Pan-Cov-GD. 

En résumé, on voit donc que c'est l'accumulation de caractéristiques relativement rares, comme les sites de restriction EcoRI et BsTEII ainsi que du site de clivage de la furine, tous trois à des endroits clés, en coïncidence avec une identité quasi-totale inexpliquée par rapport à la protéine S du RaTG13 (99,1%) et au RBM du Pan-Cov-GD (98,6%) qui alerte. En pratique on pourrait même dire que le RBM du Pan-Cov-GD est 100% identique à celui du SARS-Cov2 car la seule mutation présente correspond à l'échange favorable de 2 acides aminés le plus souvent équivalents. La conjonction de tous ces faits, en plus d'incohérences au niveau du ratio des mutations synonymes par rapport aux mutations non-synonymes de la protéine S, ne peut s'expliquer raisonnablement que par des manipulations GOF, ce qui impliquerait une origine non naturelle du SARS-Cov2.

Le manque d'adaptation initiale globale du gène S (en dehors du RBM et du site de la furine) se confirme avec la prévalence des mutations dans le gène S au fil de la pandémie qui a été calculée par Jean-Claude Perez. Elle montre un tropisme d'adaptation tardive du gène S à l'homme à partir de novembre 2020 avec l'apparition des variants anglais. Là encore, on voit l'erreur du confinement qui en allongeant l'épidémie dans le temps permet l'émergence de nouveaux variants, en l'occurrence adaptatifs, au lieu de permettre l'enclenchement du processus de fin d'épidémie qui résulterait d'une immunité collective acquise. Par ailleurs, cette observation corrobore une fois de plus la déduction faite par les observations scientifiques et le calcul que le virus initial n'était pas naturel. Mais, dans tout constat dicté par la logique il y a toujours par principe la possibilité de se tromper, aussi infime soit-elle. La Chine le sait bien et joue là-dessus. Une preuve tangible ne pourrait émerger que d'un audit international approfondi de l'Institut de virologie de Wuhan. En tout cas, le fait que la Chine le refuse catégoriquement ne plaide pas en sa faveur et prouve qu'elle a des choses à cacher.

Nous consacrerons le chapitre suivant aux travaux de Luc Montagnier et Jean-Claude Perez qui, en utilisant le principe d'harmonie mathématique sous-jacente de la nature, démontrent un phénomène caché remarquable, codé dans les données méta-génomiques du SARS-Cov2.  

Rédaction achevée le 24 janvier 2020